[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6t7e: PII-like protein CutA from Nostoc sp. PCC7120 in complex with MES -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t7e | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | PII-like protein CutA from Nostoc sp. PCC7120 in complex with MES | |||||||||
![]() | Periplasmic divalent cation tolerance protein | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / CutA / PII-like / cyanobacteria | |||||||||
Function / homology | Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / response to metal ion / Periplasmic divalent cation tolerance protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Selim, K.A. / Albrecht, R. / Forchhammer, K. / Hartmann, M.D. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Functional and structural characterization of PII-like protein CutA does not support involvement in heavy metal tolerance and hints at a small-molecule carrying/signaling role. Authors: Selim, K.A. / Tremino, L. / Marco-Marin, C. / Alva, V. / Espinosa, J. / Contreras, A. / Hartmann, M.D. / Forchhammer, K. / Rubio, V. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 442.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 362.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 480.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 488.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gduC ![]() 6gdvC ![]() 6gdwC ![]() 6gdxC ![]() 6t76SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain: (Details: Chains A B C D E F) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 13240.209 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: alr7093 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MES / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 MES pH 6.5, 1.2 M Potassium/Sodium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→38.25 Å / Num. obs: 25325 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.98 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.51 Å / Num. unique obs: 3985 / CC1/2: 0.842 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6T76 Resolution: 2.45→38.249 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 22.921 / SU ML: 0.238 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.592 / ESU R Free: 0.307 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.286 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→38.249 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
|