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- PDB-4k33: Crystal Structure of FGF Receptor 3 (FGFR3) Kinase Domain Harbori... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k33
タイトルCrystal Structure of FGF Receptor 3 (FGFR3) Kinase Domain Harboring the K650E Mutation, a Gain-of-Function Mutation Responsible for Thanatophoric Dysplasia Type II and Spermatocytic Seminoma
要素Fibroblast growth factor receptor 3
キーワードTRANSFERASE / Kinase Domain Fold Consisting of N- and C-lobes / Receptor Tyrosine Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / endochondral ossification / fibroblast growth factor receptor activity / bone morphogenesis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / PI-3K cascade:FGFR3 / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / chondrocyte differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / transport vesicle / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / skeletal system development / Negative regulation of FGFR3 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / MAPK cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Fibroblast growth factor receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3405 Å
データ登録者Huang, Z. / Chen, H. / Mohammadi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Mimicry of A-Loop Tyrosine Phosphorylation by a Pathogenic FGF Receptor 3 Mutation.
著者: Huang, Z. / Chen, H. / Blais, S. / Neubert, T.A. / Li, X. / Mohammadi, M.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2234
ポリマ－36,6691
非ポリマー5543
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.226, 61.427, 100.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 3 / FGFR-3


分子量: 36668.984 Da / 分子数: 1 / 断片: Human FGF Receptor 3 Kinase Domain / 変異: C482A, C582S, K650E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3, JTK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys-S / 参照: UniProt: P22607, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH7.5, 19% PEG 4000, 4% C4H10O2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射モノクロメーター: Single crystal bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. all: 14385 / Num. obs: 14385 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 2.34→2.39 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 61.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PVY

2pvy


解像度: 2.3405→47.74 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1435 10 %
Rwork0.1755 --
obs0.1807 14345 97.27 %
all-14385 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3405→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 33 124 2473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1823267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.051909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3405-2.42410.27941170.20451053X-RAY DIFFRACTION81
2.4241-2.52120.28231410.19261267X-RAY DIFFRACTION98
2.5212-2.63590.2991440.1991300X-RAY DIFFRACTION99
2.6359-2.77490.24941450.18961296X-RAY DIFFRACTION100
2.7749-2.94870.25791460.19571322X-RAY DIFFRACTION100
2.9487-3.17630.25411460.18181315X-RAY DIFFRACTION100
3.1763-3.49590.22571470.18791313X-RAY DIFFRACTION100
3.4959-4.00150.22661470.15951333X-RAY DIFFRACTION100
4.0015-5.04060.20441510.15341359X-RAY DIFFRACTION100
5.0406-47.75010.19651510.17821352X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.6536 Å / Origin y: 0.2212 Å / Origin z: 36.811 Å
111213212223313233
T0.2298 Å2-0.0082 Å20.0017 Å2-0.2364 Å2-0.0066 Å2--0.1513 Å2
L1.3433 °20.2199 °2-0.0268 °2-2.6873 °20.9862 °2--2.3776 °2
S-0.025 Å °-0.0069 Å °0.0336 Å °0.0822 Å °-0.0336 Å °0.1632 Å °-0.0556 Å °-0.1946 Å °0.0476 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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