PDB-4k2u: Crystal structure of PfEBA-175 F1 in complex with R218 antibody F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k2u

タイトル

Crystal structure of PfEBA-175 F1 in complex with R218 antibody Fab fragment

要素

Antibody Heavy Chain
Antibody Light Chain
Erythrocyte binding antigen 175

キーワード

IMMUNE SYSTEM / DBL domain / Immunoglobulin domain / Antibody fragment / Cell attachment / Immunity / Receptor / Ligand / Extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

microneme / symbiont entry into host / heparin binding / host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Tolia, N.H.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Basis for Inhibition of Erythrocyte Invasion by Antibodies that Target Plasmodium falciparum EBA-175.
著者: Chen, E. / Paing, M.M. / Salinas, N. / Sim, B.K. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2013年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k2u.cif.gz	764.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k2u.ent.gz	671.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k2u_validation.pdf.gz	491.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k2u_full_validation.pdf.gz	506.3 KB	表示
XML形式データ	4k2u_validation.xml.gz	46.7 KB	表示
CIF形式データ	4k2u_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qexC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t33-d 6bf4-2 1nca-d 6bf4-1 5zs0-d 1ncc-d 3t2n-2 4ydj-2 6q20-d 6al5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Erythrocyte binding antigen 175

B: Erythrocyte binding antigen 175

H: Antibody Heavy Chain

I: Antibody Heavy Chain

L: Antibody Light Chain

M: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Erythrocyte binding antigen 175

H: Antibody Heavy Chain

L: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
87.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Erythrocyte binding antigen 175

I: Antibody Heavy Chain

M: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.950, 53.530, 156.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Erythrocyte binding antigen 175 分子量: 35274.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: eba-175, MAL7P1.176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IBE8
#2: 抗体	Antibody Heavy Chain 分子量: 25216.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Antibody Light Chain 分子量: 25955.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M phosphate-citrate, 0.4 M lithium sulfate, 30% PEG 1000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791212 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→29.793 Å / Num. obs: 66216 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→29.793 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	1994	3.19 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.2057	62598	99.44 %
all	-	66216	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10543	0	60	171	10774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.609	14646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.717	3961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.5113	0.3361	133	0.2788	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5113-2.5791	0.334	148	0.2632	4292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5791-2.655	0.3254	141	0.2538	4284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.655-2.7406	0.2973	144	0.2475	4296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7406-2.8385	0.3284	140	0.2423	4334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8385-2.952	0.3346	142	0.2313	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.952-3.0862	0.2832	138	0.243	4290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0862-3.2488	0.3077	146	0.2347	4323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2488-3.452	0.3035	149	0.2295	4343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.452-3.7181	0.248	139	0.2097	4347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7181-4.0914	0.2649	138	0.1852	4379	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0914-4.6815	0.1873	144	0.1598	4357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6815-5.8907	0.1995	147	0.1669	4419	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8907-29.7955	0.2355	145	0.2091	4330	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.454	0.2404	0.5835	1.334	-0.196	6.7704	-0.1291	-0.004	0.1794	-0.0275	0.0652	-0.1228	-0.152	0.4551	0.0856	0.2872	-0.0253	-0.0075	0.4081	0.0203	0.4725	-72.4105	65.8693	-240.3809
2	4.8581	-1.7081	-2.616	4.206	1.1504	3.9001	-0.0214	0.0379	0.0213	0.1165	0.1927	-0.3026	0.0949	0.3304	-0.1505	0.3395	0.0327	-0.0216	0.6212	-0.1302	0.4319	-39.3804	76.8254	-207.058
3	1.5601	1.3961	0.3918	2.7285	1.2114	1.6563	0.0396	0.0729	0.014	0.026	-0.0514	-0.0104	-0.0753	-0.0021	-0.0196	0.2063	0.2128	0.0105	0.3196	0.0726	0.234	-69.5696	71.8006	-195.7141
4	1.4449	0.8253	-0.4266	2.5735	0.832	1.5604	0.1941	-0.3884	-0.0759	0.6715	-0.2338	-0.0759	0.2628	0.0185	0.0963	0.4241	0.3513	-0.1096	0.6565	0.2997	0.2923	-83.0854	71.3071	-163.5929
5	0.2399	0.7648	0.3414	1.0452	0.9018	0.7177	0.11	-0.0211	0.0947	0.1606	-0.0928	0.1843	-0.0227	-0.1372	-0.0262	0.483	0.1453	0.0014	0.4442	-0.0149	0.4907	-79.7043	72.7849	-191.7568
6	0.5406	0.8284	0.0674	2.0294	0.8408	0.8821	0.0406	-0.1823	0.1754	0.0801	-0.2102	0.437	-0.0766	-0.1272	0.1529	0.6237	0.1497	0.0595	0.8037	0.006	0.6815	-87.9716	75.0809	-165.3676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 9:283 )	B	9 - 283
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 10:281 )	A	10 - 281
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN M AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	M	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN M AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	L	1 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN M AND RESID 109:200 ) OR ( CHAIN L AND RESID 109:210 )	M	109 - 200
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN M AND RESID 109:200 ) OR ( CHAIN L AND RESID 109:210 )	L	109 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN I AND RESID 1:114 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:114 )	I	1 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN I AND RESID 1:114 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:114 )	H	1 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN I AND RESID 115:212 ) OR ( CHAIN H AND RESID 115:212 )	I	115 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN I AND RESID 115:212 ) OR ( CHAIN H AND RESID 115:212 )	H	115 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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