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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jw3
タイトルSelection of specific protein binders for pre-defined targets from an optimized library of artificial helicoidal repeat proteins (alphaRep)
要素
  • Alpha-helical artificial proteins
  • Neocarzinostatin
キーワードDNA binding protein/de novo protein / alpha-helical protein / Protein engineered to interact with protein of interest / NCS 3tes24 variant / DNA binding protein-de novo protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces malayensis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guellouz, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Chevrel, A. / Graille, M. / Fourati-Kammoun, Z. / Desmadril, M. / van Tilbeurgh, H. / Minard, P.
引用ジャーナル: Plos One / : 2013
タイトル: Selection of Specific Protein Binders for Pre-Defined Targets from an Optimized Library of Artificial Helicoidal Repeat Proteins (alphaRep).
著者: Guellouz, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Chevrel, A. / Graille, M. / Fourati-Kammoun, Z. / Desmadril, M. / van Tilbeurgh, H. / Minard, P.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neocarzinostatin
B: Neocarzinostatin
C: Alpha-helical artificial proteins
D: Alpha-helical artificial proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3804
ポリマ-55,3804
非ポリマー00
1086
1
A: Neocarzinostatin
C: Alpha-helical artificial proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6902
ポリマ-27,6902
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
2
B: Neocarzinostatin
D: Alpha-helical artificial proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6902
ポリマ-27,6902
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.210, 59.210, 65.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Neocarzinostatin / NCS / Mitomalcin / MMC


分子量: 12196.199 Da / 分子数: 2 / 変異: D33W G35A, C37W, W39R, L45W, C47Y, F52A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces malayensis (バクテリア)
遺伝子: ncsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3S0
#2: タンパク質 Alpha-helical artificial proteins


分子量: 15493.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3,350; 0.2 M MgCl2; 0.1 M BisTris , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 14697 / Num. obs: 14080 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 72.53 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LTM, 4JW2
解像度: 2.6→33.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9088 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8715 / SU R Cruickshank DPI: 0.803 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 704 5.01 %RANDOM
Rwork0.2238 ---
all0.2258 14697 --
obs0.2258 14054 95.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0221 Å20 Å20 Å2
2---15.3707 Å20 Å2
3---23.3928 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.487 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 0 6 3095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124285HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1038SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes475HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3150HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.55
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion418SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3471SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 139 5 %
Rwork0.2349 2640 -
all0.2375 2779 -
obs--95.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2325-1.8549-0.85612.7730.63382.48460.08260.0406-0.0652-0.38040.03180.3302-0.34380.0083-0.11430.12660.0348-0.108-0.11580.016-0.178415.505620.01229.8423
23.97630.32550.38013.233-0.24883.2391-0.1069-0.5227-0.49840.15140.27040.54420.4102-0.1946-0.16350.05310.10030.0025-0.11340.1018-0.146315.7820.165122.2476
31.62240.1541-1.79563.2376-1.55162.38530.0571-0.13930.32070.0208-0.2035-0.5442-0.34980.54420.14650.0968-0.1153-0.0760.0588-0.0249-0.2136.338225.167212.5302
41.37740.36080.76992.9949-1.34642.21590.0867-0.1232-0.336-0.1391-0.2387-0.49270.38230.53880.1520.05250.1520.03540.07390.0299-0.182737.1898-3.602920.304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|112 }A2 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|114 }B3 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|8 - C|104 }C8 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|9 - D|104 }D9 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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