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- PDB-4ju0: Crystal structure of 2009 pandemic influenza virus hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ju0
タイトルCrystal structure of 2009 pandemic influenza virus hemagglutinin mutant D225E complexed with human receptor analogue LSTc
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.908 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of the receptor binding specificity switch of the hemagglutinins from both the 1918 and 2009 pandemic influenza A viruses by a D225G substitution
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,88825
ポリマ－327,64312
非ポリマー6,24513
水3,333185
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,19912
ポリマ－163,8226
非ポリマー3,3776
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36370 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area56330 Å2
手法PISA
2
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,68913
ポリマ－163,8226
非ポリマー2,8687
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35430 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area56260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.871, 116.809, 116.503
Angle α, β, γ (deg.)62.06, 77.76, 81.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )
21CHAIN C AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )
31CHAIN E AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )
41CHAIN G AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )
51CHAIN I AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )
61CHAIN K AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )
12CHAIN B AND (RESSEQ 2:157 )
22CHAIN D AND (RESSEQ 2:157 )
32CHAIN F AND (RESSEQ 2:157 )
42CHAIN H AND (RESSEQ 2:157 )
52CHAIN J AND (RESSEQ 2:157 )
62CHAIN L AND (RESSEQ 2:157 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPSERSERCHAIN A AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )AA7 - 751 - 69
121THRTHRILEILECHAIN A AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )AA78 - 32772 - 321
211ASPASPSERSERCHAIN C AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )CC7 - 751 - 69
221THRTHRILEILECHAIN C AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )CC78 - 32772 - 321
311ASPASPSERSERCHAIN E AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )EE7 - 751 - 69
321THRTHRILEILECHAIN E AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )EE78 - 32772 - 321
411ASPASPSERSERCHAIN G AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )GG7 - 751 - 69
421THRTHRILEILECHAIN G AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )GG78 - 32772 - 321
511ASPASPSERSERCHAIN I AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )II7 - 751 - 69
521THRTHRILEILECHAIN I AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )II78 - 32772 - 321
611ASPASPSERSERCHAIN K AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )KK7 - 751 - 69
621THRTHRILEILECHAIN K AND (RESSEQ 7:75 OR RESSEQ 78:327 )KK78 - 32772 - 321
112LEULEUTYRTYRCHAIN B AND (RESSEQ 2:157 )BB2 - 1572 - 157
212LEULEUTYRTYRCHAIN D AND (RESSEQ 2:157 )DD2 - 1572 - 157
312LEULEUTYRTYRCHAIN F AND (RESSEQ 2:157 )FF2 - 1572 - 157
412LEULEUTYRTYRCHAIN H AND (RESSEQ 2:157 )HH2 - 1572 - 157
512LEULEUTYRTYRCHAIN J AND (RESSEQ 2:157 )JJ2 - 1572 - 157
612LEULEUTYRTYRCHAIN L AND (RESSEQ 2:157 )LL2 - 1572 - 157

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 35830.457 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 18-339 / 変異: D228E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 18776.758 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 345-508 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C3W5S1

-
糖 , 4種, 13分子

#3: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c6-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 185分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 62952 / Num. obs: 62952 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 74.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AL4

3al4


解像度: 2.908→40.224 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7666 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2976 5.06 %RANDOM
Rwork0.2405 ---
all0.2427 59949 --
obs0.2427 58849 88.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.808 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 328.43 Å2 / Biso mean: 67.8359 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.858 Å2-1.1501 Å20.8529 Å2
2--4.5963 Å220.0544 Å2
3----1.7383 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.908→40.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22910 0 412 185 23507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96832414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1343558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0958670
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
12C2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
13E2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
14G2492X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
15I2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
16K2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
21B1248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
22D1248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
23F1253X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
24H1253X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
25J1248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
26L1253X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.908-2.95570.389860.31281525161152
2.9557-3.00660.39371110.32091872198362
3.0066-3.06130.37321180.3372074219268
3.0613-3.12020.44491120.3182254236675
3.1202-3.18380.38631310.30692484261581
3.1838-3.2530.35691260.28742553267985
3.253-3.32870.30971360.27462704284088
3.3287-3.41190.35481430.26292635277889
3.4119-3.50410.30481620.25732775293791
3.5041-3.60710.29561260.23882774290092
3.6071-3.72340.27991500.24282883303394
3.7234-3.85640.27111630.22632834299795
3.8564-4.01070.25961610.21432876303795
4.0107-4.19310.22791550.20392921307696
4.1931-4.41390.23661470.20612908305597
4.4139-4.690.20821520.19422945309797
4.69-5.05150.25361790.20672934311398
5.0515-5.55870.26321510.19932982313398
5.5587-6.36030.25931670.21912937310498
6.3603-8.00290.24241580.23082989314799
8.0029-40.22770.2311420.2263014315699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.2394 Å / Origin y: -28.0783 Å / Origin z: -32.2782 Å
111213212223313233
T-0.0503 Å20.04 Å20.019 Å2-0.0573 Å2-0.0182 Å2--0.0252 Å2
L0.2007 °20.0666 °20.0465 °2-0.3676 °2-0.1362 °2--0.3353 °2
S0.0379 Å °-0.0392 Å °-0.03 Å °0.1022 Å °-0.0444 Å °-0.0475 Å °-0.0795 Å °-0.0152 Å °-0.0015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA7 - 328
2X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 162
3X-RAY DIFFRACTION1ALLC7 - 327
4X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 164
5X-RAY DIFFRACTION1ALLE7 - 327
6X-RAY DIFFRACTION1ALLF2 - 162
7X-RAY DIFFRACTION1ALLG7 - 328
8X-RAY DIFFRACTION1ALLH1 - 162
9X-RAY DIFFRACTION1ALLI7 - 327
10X-RAY DIFFRACTION1ALLJ1 - 164
11X-RAY DIFFRACTION1ALLK7 - 327
12X-RAY DIFFRACTION1ALLL2 - 162
13X-RAY DIFFRACTION1ALLA801 - 804
14X-RAY DIFFRACTION1ALLC601 - 606
15X-RAY DIFFRACTION1ALLE601 - 606
16X-RAY DIFFRACTION1ALLG401 - 405
17X-RAY DIFFRACTION1ALLI601 - 605
18X-RAY DIFFRACTION1ALLK601 - 603
19X-RAY DIFFRACTION1ALLA901 - 922
20X-RAY DIFFRACTION1ALLB201 - 206
21X-RAY DIFFRACTION1ALLC603 - 720
22X-RAY DIFFRACTION1ALLD201 - 205
23X-RAY DIFFRACTION1ALLE603 - 718
24X-RAY DIFFRACTION1ALLF201 - 211
25X-RAY DIFFRACTION1ALLG401 - 516
26X-RAY DIFFRACTION1ALLH201 - 206
27X-RAY DIFFRACTION1ALLI602 - 726
28X-RAY DIFFRACTION1ALLJ201 - 222
29X-RAY DIFFRACTION1ALLK603 - 726
30X-RAY DIFFRACTION1ALLL201 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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