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万見
- PDB-4jtx: Crystal structure of 2009 pandemic influenza virus hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jtx
タイトルCrystal structure of 2009 pandemic influenza virus hemagglutinin mutant D225E
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.997 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of the receptor binding specificity switch of the hemagglutinins from both the 1918 and 2009 pandemic influenza A viruses by a D225G substitution
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,38821
ポリマ－329,78812
非ポリマー2,6009
水2,648147
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,40611
ポリマ－164,8946
非ポリマー1,5125
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32370 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area57200 Å2
手法PISA
2
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,98210
ポリマ－164,8946
非ポリマー1,0884
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31880 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area56990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.688, 119.012, 123.605
Angle α, β, γ (deg.)115.14, 94.96, 96.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 35987.652 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 18-339 / 変異: D228E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 18976.951 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 345-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C3W5S1
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.997→50 Å / Num. all: 64342 / Num. obs: 64342 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 66.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AL4

3al4


解像度: 2.997→46.748 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8172 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 3099 5.11 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.2117 60635 --
obs0.2117 60635 88.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.496 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 236.82 Å2 / Biso mean: 60.6506 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.7963 Å2-4.8772 Å2-0.011 Å2
2---2.4652 Å29.012 Å2
3----14.3312 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.997→46.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22962 0 168 147 23277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95832176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1053485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1158537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9974-3.04430.3101770.31931376145346
3.0443-3.09420.3322950.3071719181457
3.0942-3.14750.3182960.29461951204766
3.1475-3.20470.35251180.29082178229673
3.2047-3.26630.31141300.27132353248380
3.2663-3.3330.3011310.26382487261883
3.333-3.40540.32881450.2572595274088
3.4054-3.48460.31481420.24862679282191
3.4846-3.57180.26811620.23412753291593
3.5718-3.66830.2641400.2212761290193
3.6683-3.77620.251450.21192803294894
3.7762-3.8980.25251380.20182818295696
3.898-4.03730.22571500.18612902305296
4.0373-4.19880.2251570.18432871302896
4.1988-4.38980.19621600.17932834299497
4.3898-4.6210.18461650.15662897306298
4.621-4.91020.19751530.16622902305598
4.9102-5.28890.20831410.17622948308998
5.2889-5.82020.21921510.17782921307298
5.8202-6.66040.22521680.19642905307399
6.6604-8.38350.21641760.19792937311399
8.3835-46.75320.22221590.20742946310599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.245 Å / Origin y: 83.0986 Å / Origin z: 3.946 Å
111213212223313233
T0.1069 Å20.0045 Å20.0238 Å2-0.1159 Å20.0135 Å2--0.0708 Å2
L0.1074 °2-0.0155 °20.0195 °2-0.2224 °20.08 °2---0.0603 °2
S-0.0079 Å °0.0157 Å °0.0292 Å °-0.0943 Å °-0.0294 Å °-0.0598 Å °-0.0037 Å °-0.0154 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA6 - 328
2X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 162
3X-RAY DIFFRACTION1ALLC7 - 328
4X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 164
5X-RAY DIFFRACTION1ALLE7 - 327
6X-RAY DIFFRACTION1ALLF2 - 162
7X-RAY DIFFRACTION1ALLG7 - 328
8X-RAY DIFFRACTION1ALLH1 - 162
9X-RAY DIFFRACTION1ALLI7 - 328
10X-RAY DIFFRACTION1ALLJ1 - 166
11X-RAY DIFFRACTION1ALLK7 - 328
12X-RAY DIFFRACTION1ALLL2 - 162
13X-RAY DIFFRACTION1ALLA601 - 603
14X-RAY DIFFRACTION1ALLC601 - 603
15X-RAY DIFFRACTION1ALLE601
16X-RAY DIFFRACTION1ALLG601
17X-RAY DIFFRACTION1ALLI601 - 603
18X-RAY DIFFRACTION1ALLK601
19X-RAY DIFFRACTION1ALLA701 - 718
20X-RAY DIFFRACTION1ALLB201 - 210
21X-RAY DIFFRACTION1ALLC701 - 716
22X-RAY DIFFRACTION1ALLD201 - 209
23X-RAY DIFFRACTION1ALLE701 - 714
24X-RAY DIFFRACTION1ALLF201 - 211
25X-RAY DIFFRACTION1ALLG701 - 714
26X-RAY DIFFRACTION1ALLH201 - 205
27X-RAY DIFFRACTION1ALLI701 - 711
28X-RAY DIFFRACTION1ALLJ201 - 209
29X-RAY DIFFRACTION1ALLK701 - 721
30X-RAY DIFFRACTION1ALLL201 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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