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- PDB-4jtr: AKR1C2 complex with ibuprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jtr
タイトルAKR1C2 complex with ibuprofen
要素Aldo-keto reductase family 1 member C2
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / oxido-reductase / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / cellular response to prostaglandin D stimulus ...indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / carboxylic acid binding / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 酸化還元酵素 / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / aldose reductase (NADPH) activity / prostaglandin metabolic process / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / epithelial cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / (2R)-2-[4-(2-methylpropyl)phenyl]propanoic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / Aldo-keto reductase family 1 member C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Yosaatmadja, Y. / Flanagan, J.U. / Squire, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of NSAID selectivity for the AKR1C family
著者: Yosaatmadja, Y. / Flanagan, J.U. / Squire, C.J.
履歴
登録2013年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,23214
ポリマ－75,7152
非ポリマー2,51712
水11,367631
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9936
ポリマ－37,8571
非ポリマー1,1365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2388
ポリマ－37,8571
非ポリマー1,3817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.051, 145.051, 202.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-406-

PO4

21B-406-

PO4

31A-671-

HOH

41B-703-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C2 / 3-alpha-HSD3 / Chlordecone reductase homolog HAKRD / Dihydrodiol dehydrogenase 2 / DD-2 / DD2 / ...3-alpha-HSD3 / Chlordecone reductase homolog HAKRD / Dihydrodiol dehydrogenase 2 / DD-2 / DD2 / Dihydrodiol dehydrogenase/bile acid-binding protein / DD/BABP / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase / Type III 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 37857.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C2, DDH2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P52895, 酸化還元酵素, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, EC: 1.1.1.213

-
非ポリマー , 7種, 643分子

#2: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID / (S)-イブプロフェン


分子量: 206.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IZP / (2R)-2-[4-(2-methylpropyl)phenyl]propanoic acid / (R)-Ibuprofen / (R)-イブプロフェン


分子量: 206.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 20% peg 3350, 0.2 M diammonium tartrate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→19.82 Å / Num. all: 197432 / Num. obs: 197432 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 8.9 % / Num. unique all: 27275 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1XJB

1xjb


解像度: 1.3→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.419 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16823 9936 5 %RANDOM
Rwork0.13918 ---
all0.14064 187418 --
obs0.14064 187418 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK PARAMETERS FOR MASK C11 CULATION
原子変位パラメータBiso mean: 19.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5050 0 165 631 5846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0195518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3191.9947519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0493.00112264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0135675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94324.257249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.38615951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.331532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3660.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.232310832
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.0835166
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.616511154
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 683 -
Rwork0.364 12717 -
obs--91.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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