PDB-4joc: Crystal structure of human lysophosphatidic acid phosphatase type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4joc

タイトル

Crystal structure of human lysophosphatidic acid phosphatase type 6 complexed with Malonate

要素

Lysophosphatidic acid phosphatase type 6

キーワード

HYDROLASE / Rossmann Fold / mitochondria

機能・相同性

機能・相同性情報

lysobisphosphatidic acid metabolic process / phosphatidic acid biosynthetic process / Synthesis of PA / acid phosphatase / acid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / phospholipid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.208 Å

データ登録者

Li, J.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structures and biochemical studies of human lysophosphatidic acid phosphatase type 6
著者: Li, J. / Dong, Y. / Lu, X. / Wang, L. / Peng, W. / Zhang, X.C. / Rao, Z.

履歴

登録	2013年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Other
改定 1.2	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4joc.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4joc.ent.gz	125.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4joc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4joc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4joc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jobC 4jodC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z84-1 3u87-2 5cu2-1 5oe6-2 1tro-2 6o93-d 6may-2 5v8u-1 7kyh-1 3o61-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysophosphatidic acid phosphatase type 6

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.622, 87.949, 90.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysophosphatidic acid phosphatase type 6 / Acid phosphatase 6 / lysophosphatidic / Acid phosphatase-like protein 1 / PACPL1 分子量: 45363.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACP6 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NPH0, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	MET 316 CORRESPONDS TO VARIANT RS6593795.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium malonate, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 15.62 / 数: 120658 / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.06 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 17577 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	50	99.9	1	0.069	0.981	6.3
3.76	4.74	99.8	1	0.065	1.074	6.7
3.29	3.76	99.9	1	0.082	1.008	7
2.99	3.29	100	1	0.112	1.075	7.1
2.77	2.99	100	1	0.156	1.055	7.2
2.61	2.77	100	1	0.201	1.081	7.2
2.48	2.61	100	1	0.266	1.076	7.3
2.37	2.48	100	1	0.329	1.098	7.2
2.28	2.37	99.9	1	0.398	1.085	6.7
2.2	2.28	99.6	1	0.48	1.085	5.9

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	5.9	0.48	1689	1.085	1	99.6
2.28-2.37	6.7	0.398	1753	1.085	1	99.9
2.37-2.48	7.2	0.329	1711	1.098	1	100
2.48-2.61	7.3	0.266	1714	1.076	1	100
2.61-2.77	7.2	0.201	1731	1.081	1	100
2.77-2.99	7.2	0.156	1752	1.055	1	100
2.99-3.29	7.1	0.112	1771	1.075	1	100
3.29-3.76	7	0.082	1745	1.008	1	99.9
3.76-4.74	6.7	0.065	1811	1.074	1	99.8
4.74-50	6.3	0.069	1900	0.981	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.208→45.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.8628 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	876	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1759	16310	-	-
obs	0.1782	17186	97.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.978 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.6 Å² / B_iso mean: 43.3374 Å² / B_iso min: 17.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.4947 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.7785 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.7163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.208→45.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2869	0	7	69	2945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	4100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	536
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.512	1162

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2082-2.3466	0.2592	121	0.2079	2468	2589	91
2.3466-2.5277	0.2959	169	0.2066	2631	2800	96
2.5277-2.7821	0.2375	149	0.203	2701	2850	98
2.7821-3.1845	0.2158	142	0.1857	2747	2889	99
3.1845-4.0118	0.2051	155	0.1537	2806	2961	100
4.0118-45.0824	0.209	140	0.1681	2957	3097	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7915	-0.026	0.1453	1.9054	0.6762	0.6538	0.1721	-0.0994	0.0424	0.0444	-0.0368	-0.2799	-0.2057	0.169	0.0075	0.1865	-0.0232	-0.0172	0.2711	-0.0241	0.2379	23.1235	17.124	35.1201
2	0.8553	-0.2229	0.3746	1.0911	-0.2696	1.8772	0.0503	0.035	0.076	-0.1832	0.0081	-0.0184	-0.3511	-0.039	0.002	0.1752	-0.0123	0.0101	0.1206	0.0227	0.1589	9.2934	30.3601	27.4744
3	0.5142	0.0272	0.1069	1.8805	-0.014	0.4687	0.0232	-0.0807	-0.0387	-0.1759	0.0013	0.1618	0.0665	0.0014	0	0.2141	0.0035	-0.0399	0.1981	-0.0204	0.2155	5.6149	8.7952	29.059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 43:181)	A	43 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 182:293)	A	182 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 294:417)	A	294 - 417

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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