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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jo2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rabbit mAb R56 Fab in complex with V3 crown of HIV-1 Consensus A gp120 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Ig / antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pan, R.M. / Kong, X.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rabbit Anti-HIV-1 Monoclonal Antibodies Raised by Immunization Can Mimic the Antigen-Binding Modes of Antibodies Derived from HIV-1-Infected Humans. 著者: Pan, R. / Sampson, J.M. / Chen, Y. / Vaine, M. / Wang, S. / Lu, S. / Kong, X.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 22782.014 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 21882.527 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2452.747 Da / 分子数: 2 断片: third variable region (V3) crown (UNP residues 30-52) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 参照: UniProt: Q9YXH5 #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→26.465 Å / Num. obs: 30171 / % possible obs: 99.72 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 8.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Rsym value: 0.587 / % possible all: 89.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.275 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.465 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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