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- PDB-4jo2: Crystal structure of rabbit mAb R56 Fab in complex with V3 crown ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jo2
タイトルCrystal structure of rabbit mAb R56 Fab in complex with V3 crown of HIV-1 Consensus A gp120
要素
  • gp120
  • monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain
  • monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Ig / antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pan, R.M. / Kong, X.P.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Rabbit Anti-HIV-1 Monoclonal Antibodies Raised by Immunization Can Mimic the Antigen-Binding Modes of Antibodies Derived from HIV-1-Infected Humans.
著者: Pan, R. / Sampson, J.M. / Chen, Y. / Vaine, M. / Wang, S. / Lu, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2013年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain
H: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain
P: gp120
M: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain
I: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain
Q: gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,47512
ポリマ－94,2356
非ポリマー2406
水8,629479
1
L: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain
H: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain
P: gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2386
ポリマ－47,1173
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
2
M: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain
I: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain
Q: gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2386
ポリマ－47,1173
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.840, 74.350, 84.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain


分子量: 22782.014 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain


分子量: 21882.527 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド gp120


分子量: 2452.747 Da / 分子数: 2
断片: third variable region (V3) crown (UNP residues 30-52)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 参照: UniProt: Q9YXH5
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月6日
放射モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→26.465 Å / Num. obs: 30171 / % possible obs: 99.72 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 8.93
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Rsym value: 0.587 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Icelikeデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→26.465 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 1565 5.19 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
all0.1934 51241 --
obs0.1934 30171 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.275 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4203 Å20 Å20.1222 Å2
2--1.0763 Å2-0 Å2
3----0.6561 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6330 0 6 479 6815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1478836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7172240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071054
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58930.28341360.20082841X-RAY DIFFRACTION100
2.5893-2.69290.32441460.21922852X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.81530.32031610.21492831X-RAY DIFFRACTION100
2.8153-2.96350.27211680.20522830X-RAY DIFFRACTION100
2.9635-3.14890.31121540.19722890X-RAY DIFFRACTION100
3.1489-3.39160.27711570.20392824X-RAY DIFFRACTION100
3.3916-3.73210.24131540.19272871X-RAY DIFFRACTION100
3.7321-4.27020.22971900.16422853X-RAY DIFFRACTION100
4.2702-5.37250.22431430.14982901X-RAY DIFFRACTION100
5.3725-26.46660.26931560.2052913X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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