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万見
- PDB-4jnc: Soluble Epoxide Hydrolase complexed with a carboxamide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jnc
タイトルSoluble Epoxide Hydrolase complexed with a carboxamide inhibitor
要素Bifunctional epoxide hydrolase 2
キーワードHydrolase/hydrolase inhibitor / epoxide hydrolase / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / dephosphorylation / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / cholesterol homeostasis / regulation of cell growth / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / peroxisome / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1LF / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Shewchuk, L.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of 1-(1,3,5-triazin-2-yl)piperidine-4-carboxamides as inhibitors of soluble epoxide hydrolase.
著者: Thalji, R.K. / McAtee, J.J. / Belyanskaya, S. / Brandt, M. / Brown, G.D. / Costell, M.H. / Ding, Y. / Dodson, J.W. / Eisennagel, S.H. / Fries, R.E. / Gross, J.W. / Harpel, M.R. / Holt, D.A. / ...著者: Thalji, R.K. / McAtee, J.J. / Belyanskaya, S. / Brandt, M. / Brown, G.D. / Costell, M.H. / Ding, Y. / Dodson, J.W. / Eisennagel, S.H. / Fries, R.E. / Gross, J.W. / Harpel, M.R. / Holt, D.A. / Israel, D.I. / Jolivette, L.J. / Krosky, D. / Li, H. / Lu, Q. / Mandichak, T. / Roethke, T. / Schnackenberg, C.G. / Schwartz, B. / Shewchuk, L.M. / Xie, W. / Behm, D.J. / Douglas, S.A. / Shaw, A.L. / Marino, J.P.
履歴
登録2013年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5442
ポリマ－36,1351
非ポリマー4081
水4,288238
1
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0884
ポリマ－72,2712
非ポリマー8172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.285, 91.951, 45.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional epoxide hydrolase 2 / Cytosolic epoxide hydrolase 2 / CEH / Epoxide hydratase / Soluble epoxide hydrolase / SEH / Lipid- ...Cytosolic epoxide hydrolase 2 / CEH / Epoxide hydratase / Soluble epoxide hydrolase / SEH / Lipid-phosphate phosphatase


分子量: 36135.410 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-1LF / 1-[4-methyl-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]-N-[2-(trifluoromethyl)benzyl]piperidine-4-carboxamide


分子量: 408.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23F3N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M BisTris, 0.2M NH4OAc, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→60.48 Å / Num. all: 23361 / Num. obs: 23361 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 1493 / % possible all: 86.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VJ5

1vj5


解像度: 1.96→60.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.002 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 1254 5.1 %RANDOM
Rwork0.18678 ---
obs0.1884 23361 98.51 %-
all-23361 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.936 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→60.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 29 238 2745
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.971.9633595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1815329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.79724.017117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85115432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4611512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2821.51586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5422561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.77431049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3114.51025
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.014 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 85 -
Rwork0.304 1493 -
obs-1493 86.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.306 Å / Origin y: 19.032 Å / Origin z: -15.356 Å
111213212223313233
T0.0222 Å20.0088 Å2-0.0056 Å2-0.036 Å2-0.0022 Å2--0.0537 Å2
L0.8682 °20.0061 °2-0.0822 °2-0.6488 °20.0561 °2--1.0977 °2
S-0.0099 Å °-0.021 Å °0.062 Å °0.0229 Å °0.0046 Å °0.0304 Å °-0.1157 Å °-0.028 Å °0.0053 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A237 - 548
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 938

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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