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- PDB-4jhw: Crystal Structure of Respiratory Syncytial Virus Fusion Glycoprot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhw
タイトルCrystal Structure of Respiratory Syncytial Virus Fusion Glycoprotein Stabilized in the Prefusion Conformation by Human Antibody D25
要素
  • D25 antigen-binding fragment heavy chain
  • D25 light chain
  • Fusion glycoprotein F0
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / type I fusion protein / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Mclellan, J.S. / Chen, M. / Leung, S. / Graepel, K.W. / Du, X. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Yasuda, E. / Beaumont, T. ...Mclellan, J.S. / Chen, M. / Leung, S. / Graepel, K.W. / Du, X. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Yasuda, E. / Beaumont, T. / Kumar, A. / Modjarrad, K. / Zheng, Z. / Zhao, M. / Xia, N. / Kwong, P.D. / Graham, B.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of RSV fusion glycoprotein trimer bound to a prefusion-specific neutralizing antibody.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Leung, S. / Graepel, K.W. / Du, X. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Yasuda, E. / Beaumont, T. / Kumar, A. / Modjarrad, K. / Zheng, Z. / Zhao, M. / Xia, N. / ...著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Leung, S. / Graepel, K.W. / Du, X. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Yasuda, E. / Beaumont, T. / Kumar, A. / Modjarrad, K. / Zheng, Z. / Zhao, M. / Xia, N. / Kwong, P.D. / Graham, B.S.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: D25 antigen-binding fragment heavy chain
L: D25 light chain
F: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7163
ポリマ－102,7163
非ポリマー00
水00
1
H: D25 antigen-binding fragment heavy chain
L: D25 light chain
F: Fusion glycoprotein F0

H: D25 antigen-binding fragment heavy chain
L: D25 light chain
F: Fusion glycoprotein F0

H: D25 antigen-binding fragment heavy chain
L: D25 light chain
F: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,1489
ポリマ－308,1489
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_564z,x+1,y-11
crystal symmetry operation9_465y-1,z+1,x1
Buried area29540 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area104890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.286, 152.286, 152.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: 抗体 D25 antigen-binding fragment heavy chain


分子量: 24375.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 D25 light chain


分子量: 23325.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F / Fusion glycoprotein F2 / Fusion glycoprotein F1


分子量: 55014.629 Da / 分子数: 1 / Mutation: P102A, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
株: A2 / 遺伝子: F, fusion glycoprotein / プラスミド: paH / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE ORF FOR THE CRYSTALLIZED RSV F PROTEIN IS: ...AUTHOR STATES THAT THE ORF FOR THE CRYSTALLIZED RSV F PROTEIN IS: MELLILKANAITTILTAVTFCFASGQNITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKENKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLLMQSTPATNNRARRELPRFMNYTLNNAKKTNVTLSKKRKRRFLGFLLGVGSAIASGVAVSKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTSKVLDLKNYIDKQLLPIVNKQSCSISNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMSIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGLVPRGSHHHHHHSAWSHPQFEK. THE N-TERMINAL, C-TERMINAL, AND 27 INTERVENING RESIDUES ARE NOT PRESENT IN THE MATURE PROTEIN DUE EITHER TO CELLULAR PROTEASES OR THROMBIN TREATMENT. THE SEQUENCE OF THE MATURE PROTEIN THAT WAS CRYSTALLIZED IS: QNITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKENKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLLMQSTPATNNRARRFLGFLLGVGSAIASGVAVSKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTSKVLDLKNYIDKQLLPIVNKQSCSISNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMSIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGLVPR. THE CRYSTALLIZED PROTEIN IS A VARIANT OF UNP P03420 (FUS_HRSVA) SEQUENCE CONTAINING THREE AMINO ACID SUBSTITUTIONS (P102A, I379V, AND M447V).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% (w/v) PEG 400, 3.75% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 1% (v/v) 1,2-butanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月19日
放射モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 13953 / Num. obs: 13898 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 5.2 % / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RRR AND 4JHA

3rrr

4jha


解像度: 3.6→42.237 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2671 671 4.84 %Random
Rwork0.213 ---
all0.2157 13877 --
obs0.2157 13877 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→42.237 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6778 0 0 0 6778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9089385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7292513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.87720.33591300.28232612X-RAY DIFFRACTION99
3.8772-4.2670.33841380.25122612X-RAY DIFFRACTION100
4.267-4.88370.25831270.19552627X-RAY DIFFRACTION100
4.8837-6.14990.2731550.23812630X-RAY DIFFRACTION100
6.1499-42.23940.24231210.19222725X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.68650.94071.20515.87630.1162.45610.06720.4987-0.95870.17690.3322-0.58280.80220.0138-0.37681.05060.07040.0680.6092-0.09140.61618.8979127.504310.9437
25.3929-1.62820.04224.7467-2.48492.1190.19251.3722-1.1346-0.8887-0.0858-0.37012.176-0.5366-0.16491.9971-0.1557-0.11071.359-0.46651.4378-10.2047105.2518-6.0292
31.52420.29360.96394.07593.57673.55530.1365-0.36460.0202-0.03060.0531-0.51080.0523-0.2529-0.24260.621-0.09620.21030.82430.13180.674922.1107171.823337.8653
42.48073.74561.61234.50234.38376.2946-0.26460.1643-0.26350.35290.0219-0.40710.68310.68720.33470.76030.2417-0.03940.6710.12021.029924.01156.557925.5589
52.8897-0.15161.61357.93043.22053.84520.4091-0.5478-0.29441.1057-0.35750.63071.1094-0.85020.15580.8397-0.06040.07620.9310.23030.620422.6164167.68242.3761
67.28047.4154-1.18422.1291-2.26747.02790.222-0.34640.5607-0.635-0.19431.7419-0.17630.44060.10050.66340.1382-0.06840.9057-0.12861.004428.5106194.246850.1069
73.7512-0.4022-0.53314.2173-1.130.255-0.0023-0.54130.50280.00470.1046-0.1025-0.36060.3096-0.18861.01390.1131-0.02870.9065-0.25620.614424.4504198.686650.3108
83.4189-2.93931.35949.2165-1.82922.0917-0.4918-0.6807-0.24030.5588-0.29330.47030.25180.07270.92780.6814-0.00220.24970.7918-0.08990.707516.8771202.313448.0421
96.9197-0.14822.83038.47941.81728.8338-1.36871.05690.29550.02910.6001-1.0579-0.14721.80390.66141.2462-0.39970.11761.3743-0.07211.785847.2175207.547359.7095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:111 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:113 )H1 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:111 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:113 )L1 - 113
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 112:213 ) OR ( CHAIN L AND RESID 114:211 )H112 - 213
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 112:213 ) OR ( CHAIN L AND RESID 114:211 )L114 - 211
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN F AND RESID 26:73 )F26 - 73
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND RESID 74:263 )F74 - 263
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN F AND RESID 264:318 )F264 - 318
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 319:363 )F319 - 363
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN F AND RESID 364:443 )F364 - 443
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN F AND RESID 444:477 )F444 - 477
11X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN F AND RESID 478:513 )F478 - 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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