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- PDB-4jg2: Structure of phage-related protein from Bacillus cereus ATCC 10987 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jg2
タイトルStructure of phage-related protein from Bacillus cereus ATCC 10987
要素Phage-related protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / phage-related protein
機能・相同性Enterobacter phage Enc34, ssDNA-binding protein / Enterobacter phage Enc34, ssDNA-binding protein / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta / Phage-related protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of phage-related protein from Bacillus cereus ATCC 10987
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural ...著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9621
ポリマ－22,9621
非ポリマー00
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.532, 51.476, 73.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phage-related protein


分子量: 22962.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_0376 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q73EI2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MMT buffer, 25% PEG 1500, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 42130 / Num. obs: 42130 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 41.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.329 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16349 2127 5.1 %RANDOM
Rwork0.12434 ---
obs0.12631 39942 99.77 %-
all-39942 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1412 0 0 312 1724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.9452154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86833318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9495215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23925.32577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.64215252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.808159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9980.967821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9820.963820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3121.4581049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1161.291750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.9533007
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.811574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.39553213
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 155 -
Rwork0.219 2850 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6853-0.1107-0.07880.97850.13330.4760.011-0.00070.02680.0025-0.0168-0.0003-0.03960.00350.00590.0125-0.00150.00210.01790.00010.001914.6483-2.30890.4202
21.0961-0.5988-0.4590.60550.47240.71240.0830.10740.1244-0.0974-0.0219-0.1045-0.09430.0193-0.0610.032-0.00260.0260.02650.01650.043724.18355.4713-8.5197
30.3020.1135-0.02360.2007-0.01950.15040.0305-0.02-0.00080.0183-0.0246-0.0053-0.01760.0073-0.00590.01460.00370.0050.01210.00230.007211.1558-6.858-0.0435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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