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- PDB-4tv6: Crystal Structure of Citrate Synthase Variant SbnG E151Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tv6
タイトルCrystal Structure of Citrate Synthase Variant SbnG E151Q
要素2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase
キーワードLYASE / siderophore biosynthesis / iron / citrate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde-lyase activity / catalytic activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALOACETATE ION / 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: SbnG, a Citrate Synthase in Staphylococcus aureus: A NEW FOLD ON AN OLD ENZYME.
著者: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Sheldon, J.R. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8852
ポリマ－28,7541
非ポリマー1311
水77543
1
A: 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,31012
ポリマ－172,5236
非ポリマー7866
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area22550 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area51150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.240, 77.240, 75.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number149
Space group name H-MP312
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation:-x+y,y,-z, -x+y,-x,z, x,x-y,-z, -y,x-y,z and -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase


分子量: 28753.910 Da / 分子数: 1 / 変異: E151Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 遺伝子: sbnG, NWMN_0066 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QDA6, UniProt: A0A0H3K9Z0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% (v/v) tascimate, 0.1 M HEPES, 10% PEG MME 5000, 40 mM gaunidine hydrochloride, 5 mM oxaloacetate, 5 mM coeznyme A

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→27.05 Å / Num. all: 7119 / Num. obs: 7119 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 34715
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym value% possible all
2.6-2.744.80.2465.1490610180.0170.0487.3
8.22-27.054.90.0420.111182270.0230.05679.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 44.21 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å18.24 Å
Translation2.5 Å18.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→27.052 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 322 4.53 %RANDOM
Rwork0.232 6793 --
obs0.2342 7115 87.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.41 Å2 / Biso mean: 56.587 Å2 / Biso min: 15.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→27.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1753 0 9 43 1805
Biso mean--65.98 36.78 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7482426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.124654
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6003-3.27520.31691670.26863369353688
3.2752-27.05350.26681550.21733424357987
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7665-0.7311-0.63974.6965-1.00495.5444-0.24390.30130.06570.17440.22560.76270.3414-0.77050.03330.31730.0152-0.0040.30650.08530.5262-15.0964-22.00211.4927
22.2931-0.2267-1.9275.75660.31284.5606-0.0218-0.1984-0.10960.19810.15380.13590.08360.2202-0.10190.19760.0191-0.00030.22040.04790.2711-8.891-12.32428.3895
36.5079-0.951-1.70576.30780.31285.1513-0.0552-1.62630.55971.60680.53640.2782-0.1650.0441-0.40740.65830.10320.10140.6024-0.03180.4325-10.6157-11.55326.1636
42.0830.0185-0.52196.7731-0.07261.77270.08230.26320.43040.6942-0.15612.2179-0.1605-1.38550.16870.76810.24520.16221.03370.11570.8329-20.7996-2.908822.7621
51.3734-0.4194-0.04414.6247-3.175.2148-0.6831-0.4117-0.26371.19140.5789-0.2981-0.20161.27780.08990.74630.1975-0.06660.80390.02060.2914-5.9932-20.128828.1666
62.04010.7453-0.8142.3828-1.56074.2273-0.1849-0.77880.13280.97430.45510.8971-0.24080.0463-0.56910.79420.33680.4310.8750.42470.2053-13.5833-20.03329.1581
77.2317-5.87220.80827.61080.02362.16461.3350.5377-0.1051-0.8317-0.1571-0.81831.98040.3873-1.23980.83930.3146-0.16880.9043-0.14910.57565.5718-29.174624.2809
82.07230.53970.50344.64710.88337.6457-0.3582-0.7172-0.47781.19490.77910.50261.5040.52-0.36440.83570.0970.11220.57170.19390.4619-9.832-31.092222.6368
92.09290.9891.38953.1991-1.82823.24950.07880.116-0.7382-0.0479-0.3507-0.17150.31550.40830.24050.37640.11830.05570.2196-0.02410.54557.2425-31.0615-1.1544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 26 )A6 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 87 )A27 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 88 through 109 )A88 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 110 through 144 )A110 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 145 through 158 )A145 - 158
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 159 through 174 )A159 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 175 through 190 )A175 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 191 through 236 )A191 - 236
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 237 through 257 )A237 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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