+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tv6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Citrate Synthase Variant SbnG E151Q | ||||||
Components | 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / siderophore biosynthesis / iron / citrate synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: SbnG, a Citrate Synthase in Staphylococcus aureus: A NEW FOLD ON AN OLD ENZYME. Authors: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Sheldon, J.R. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tv6.cif.gz | 105.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tv6.ent.gz | 81.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tv6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation:-x+y,y,-z, -x+y,-x,z, x,x-y,-z, -y,x-y,z and -y,-x,-z |
-Components
#1: Protein | Mass: 28753.910 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E151Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: Newman / Gene: sbnG, NWMN_0066 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A6QDA6, UniProt: A0A0H3K9Z0*PLUS |
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#2: Chemical | ChemComp-OAA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 5% (v/v) tascimate, 0.1 M HEPES, 10% PEG MME 5000, 40 mM gaunidine hydrochloride, 5 mM oxaloacetate, 5 mM coeznyme A |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→27.05 Å / Num. all: 7119 / Num. obs: 7119 / % possible obs: 87.5 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 34715 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 44.21 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6→27.052 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.41 Å2 / Biso mean: 56.587 Å2 / Biso min: 15.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→27.052 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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