+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tv5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Citrate Synthase SbnG | ||||||
Components | 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / siderophore biosynthesis / iron / citrate synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: SbnG, a Citrate Synthase in Staphylococcus aureus: A NEW FOLD ON AN OLD ENZYME. Authors: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Sheldon, J.R. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tv5.cif.gz | 117.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tv5.ent.gz | 90.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tv5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: x,x-y,-z, -x+y+1,-x+1,z, -y+1,-x+1,-z, -y+1,x-y,z and -x+y+1,y,-z |
-Components
#1: Protein | Mass: 28754.895 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: Newman / Gene: sbnG, NWMN_0066 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A6QDA6, UniProt: A0A0H3K9Z0*PLUS | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Imidazole, 4% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 2, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→76.72 Å / Num. all: 20780 / Num. obs: 20780 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 8.6 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 4.957 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 178057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→76.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2189 / WRfactor Rwork: 0.1936 / FOM work R set: 0.8519 / SU B: 6.916 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1534 / SU Rfree: 0.1296 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.132 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.98 Å2 / Biso mean: 14.73 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→76.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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