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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tv5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Citrate Synthase SbnG | ||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase | ||||||
![]() | LYASE / siderophore biosynthesis / iron / citrate synthase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: SbnG, a Citrate Synthase in Staphylococcus aureus: A NEW FOLD ON AN OLD ENZYME. Authors: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Sheldon, J.R. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 90.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 425.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
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1 | ![]()
| x 6||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||
Details | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: x,x-y,-z, -x+y+1,-x+1,z, -y+1,-x+1,-z, -y+1,x-y,z and -x+y+1,y,-z |
-
Components
#1: Protein | Mass: 28754.895 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.13 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Imidazole, 4% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 2, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→76.72 Å / Num. all: 20780 / Num. obs: 20780 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 8.6 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 4.957 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 178057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.98 Å2 / Biso mean: 14.73 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→76.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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