PDB-6int: xylose isomerase from Paenibacillus sp. R4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6int

タイトル

xylose isomerase from Paenibacillus sp. R4

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / Paenibacillus species / cold-active protein

機能・相同性

機能・相同性情報

xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus sp. R4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.942 Å

データ登録者

Lee, J.H. / Lee, C.W. / Park, S.

引用

ジャーナル: J. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure and Functional Characterization of a Xylose Isomerase (PbXI) from the Psychrophilic Soil Microorganism, Paenibacillus sp.
著者: Park, S.H. / Kwon, S. / Lee, C.W. / Kim, C.M. / Jeong, C.S. / Kim, K.J. / Hong, J.W. / Kim, H.J. / Park, H.H. / Lee, J.H.

履歴

登録	2018年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6int.cif.gz	691.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6int.ent.gz	566.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6int.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6int ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6int	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a0cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nh4-d 5nh5-d 6jow-1 5nh9-d 5nhb-d 5nhc-d 1a0c-d 4xkm-1 1i32-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

B: Xylose isomerase

C: Xylose isomerase

D: Xylose isomerase

E: Xylose isomerase

F: Xylose isomerase

G: Xylose isomerase

H: Xylose isomerase

ヘテロ分子

392 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase

B: Xylose isomerase

C: Xylose isomerase

D: Xylose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Xylose isomerase

F: Xylose isomerase

G: Xylose isomerase

H: Xylose isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.282, 124.039, 315.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 48937.785 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus sp. R4 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H014*PLUS
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES: NaOH, pH 7.5, 27%(v/v) PPG P400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 256014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / Net I/σ(I): 42.9
反射シェル	解像度: 1.94→1.98 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
REFMAC		精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A0C

1a0c

解像度: 1.942→23.834 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2492	12775	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2045	-	-	-
obs	0.2068	254307	98.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.942→23.834 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26128	0	24	2411	28563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	26686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	36092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.872	15716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	3926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4748

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9421-1.9642	0.3205	349	0.244	7034	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9642-1.9873	0.2715	447	0.2171	8042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9873-2.0115	0.2689	426	0.2119	8033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0115-2.037	0.2913	432	0.2122	8083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.037-2.0637	0.2702	454	0.2034	8003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0637-2.092	0.2758	426	0.2078	8064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.092-2.1219	0.2511	432	0.2035	8071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1219-2.1535	0.256	429	0.2015	8019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1535-2.1871	0.2651	448	0.2056	8065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1871-2.223	0.2622	428	0.1974	8058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.2613	0.2554	434	0.1986	8053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2613-2.3024	0.2765	428	0.2098	8092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3024-2.3466	0.2343	393	0.1966	8153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3466-2.3945	0.2707	458	0.21	8000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3945-2.4465	0.266	405	0.2051	8099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4465-2.5033	0.2479	419	0.205	8110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5033-2.5659	0.2635	433	0.2113	8094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5659-2.6352	0.2652	404	0.2125	8158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6352-2.7126	0.2662	428	0.2213	8060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7126-2.8	0.2875	417	0.2243	8090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.8999	0.2638	417	0.2293	8136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8999-3.0158	0.2742	440	0.226	8118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0158-3.1528	0.2694	407	0.2171	8133	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1528-3.3186	0.2559	449	0.2141	8125	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3186-3.5259	0.2292	422	0.1984	8126	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5259-3.7971	0.2008	451	0.1843	8131	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7971-4.1774	0.2009	438	0.1751	8149	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1774-4.7777	0.1891	425	0.1628	8170	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7777-6.0034	0.2349	430	0.2025	8137	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0034-23.8355	0.2611	406	0.2319	7926	X-RAY DIFFRACTION	92

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)