PDB-5nh4: Crystal structure of xylose isomerase from Piromyces E2 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nh4

タイトル

Crystal structure of xylose isomerase from Piromyces E2 in complex with one Mg2+ ions and glycerol

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

D-xylose catabolic process to ethanol / xylose isomerase / xylose isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Piromyces sp. E2 (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Metal Dependence of the Xylose Isomerase from Piromyces sp. E2 Explored by Activity Profiling and Protein Crystallography.
著者: Lee, M. / Rozeboom, H.J. / de Waal, P.P. / de Jong, R.M. / Dudek, H.M. / Janssen, D.B.

履歴

登録	2017年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nh4.cif.gz	704.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nh4.ent.gz	583.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nh5SC 5nh6C 5nh7C 5nh8C 5nh9C 5nhaC 5nhbC 5nhcC 5nhdC 5nheC 5nhmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nh9-d 5nhm-d 6t8e-d 5nhc-d 5nh5-d 5yn3-d 5nhb-d 4xkm-2 4xkm-1 1a0c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

B: Xylose isomerase

C: Xylose isomerase

D: Xylose isomerase

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.606, 79.365, 92.096
Angle α, β, γ (deg.)	115.50, 90.15, 116.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 437 / Label seq-ID: 2 - 437

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 49458.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piromyces sp. E2 (菌類) / 遺伝子: xylA / プラスミド: pBAD / 詳細 (発現宿主): pBR322 Ori and ampicillin resistance / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): TOP10 or Neb10-beta / 参照: UniProt: Q9P8C9, xylose isomerase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 13-16 % PEG 3350, 0.01 M MgCl2, 0,1 M Hepes pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月4日
放射	モノクロメーター: Helios MX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.6 Å / Num. obs: 149911 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 6.5 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6403 / CC_1/2: 0.688 / R_pim(I) all: 0.26 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NH5

5nh5

解像度: 1.8→46.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 6.987 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22944	7495	5 %	RANDOM
R_work	0.19412	-	-	-
obs	0.19588	142387	93.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	-0.05 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.03 Å²	0.01 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13876	0	85	1638	15599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14279
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	13310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.944	19213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.123	3	30738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.067	5	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.642	25.141	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.695	15	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.185	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.708	0.961	6980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.707	0.961	6979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.134	1.438	8720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.135	1.438	8721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.128	1.088	7299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.128	1.089	7299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.754	1.577	10490
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.584	8.924	18422
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.584	8.924	18422
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	26903	0.05
1	2	B	26903	0.05
2	1	A	26851	0.06
2	2	C	26851	0.06
3	1	A	26852	0.06
3	2	D	26852	0.06
4	1	B	26882	0.06
4	2	C	26882	0.06
5	1	B	26906	0.06
5	2	D	26906	0.06
6	1	C	26983	0.05
6	2	D	26983	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	499	-
R_work	0.299	9407	-
obs	-	-	83.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4552	0.0422	0.0165	0.4429	-0.0638	0.3122	0.0036	-0.1041	0.0525	0.1343	0.0294	0.1388	-0.0211	-0.0552	-0.033	0.0618	0.0247	0.0408	0.044	0.0015	0.0478	-10.215	-2.437	60.856
2	0.5123	-0.0543	0.0015	0.4208	0.0301	0.2788	0.003	0.0818	-0.1476	-0.0395	0.0093	0.0573	0.0738	-0.0295	-0.0122	0.04	-0.007	-0.0125	0.0179	-0.0205	0.0496	-0.806	-27.814	36.549
3	0.4665	0.0116	0.015	0.3834	0.0154	0.3396	-0.0091	-0.1185	-0.0376	0.1015	0.0117	-0.1155	0.0229	0.0772	-0.0026	0.0409	0.0229	-0.0326	0.0615	0.0029	0.0396	28.472	-12.766	57.252
4	0.5113	-0.0771	-0.0745	0.354	0.0085	0.2982	0.0075	0.0842	0.1585	-0.0379	0.0139	-0.0367	-0.0469	0.0144	-0.0214	0.0382	0.0034	0.0049	0.022	0.0258	0.0497	13.611	9.505	32.582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 437
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 437
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 437
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 437

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