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- PDB-4jf8: Crystal structure of a TrwG component of type IV secretion system... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jf8
タイトルCrystal structure of a TrwG component of type IV secretion system protein from Bartonella birtlesii
要素TrwG component of type IV secretion system
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / cat scratch fever / secretion / host specific adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / endomembrane system / membrane
類似検索 - 分子機能
VirB8 protein / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion system protein virB8
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella birtlesii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: MBio / 年: 2015
タイトル: Structural Insight into How Bacteria Prevent Interference between Multiple Divergent Type IV Secretion Systems.
著者: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / ...著者: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Azad, A.F. / Pulliainen, A.T.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrwG component of type IV secretion system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5935
ポリマ－20,3451
非ポリマー2484
水4,125229
1
A: TrwG component of type IV secretion system
ヘテロ分子

A: TrwG component of type IV secretion system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,18610
ポリマ－40,6892
非ポリマー4978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.150, 72.150, 47.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-558-

HOH

21A-608-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TrwG component of type IV secretion system


分子量: 20344.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella birtlesii (バクテリア)
遺伝子: trwG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0AAZ5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: BabiA.18388.a.B2 PS01693 at 25.7 mg/mL against JCSG+ screen condition A3, 0.2 M citrate, 25% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, unique puck ID vff2-9, crystal tracking ID ...詳細: BabiA.18388.a.B2 PS01693 at 25.7 mg/mL against JCSG+ screen condition A3, 0.2 M citrate, 25% PEG 3350 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, unique puck ID vff2-9, crystal tracking ID 240866a3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 31634 / Num. obs: 31529 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 34.59
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.390.4972.9198.6
1.39-1.420.4583.81198.9
1.42-1.460.385.691100
1.46-1.510.3057.551100
1.51-1.560.2359.941100
1.56-1.610.18912.251100
1.61-1.670.1515.341100
1.67-1.740.1218.95199.9
1.74-1.820.09523.771100
1.82-1.910.0731.061100
1.91-2.010.04942.121100
2.01-2.130.03752.731100
2.13-2.280.03262.21100
2.28-2.460.02770.23199.9
2.46-2.70.02576.141100
2.7-3.020.02483.991100
3.02-3.490.01899.711100
3.49-4.270.015112.051100
4.27-6.040.014111.21199.3
6.040.015103.74190

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.07 Å
Translation3 Å19.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bhm

2bhm


解像度: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17514 1588 5 %RANDOM
Rwork0.15426 ---
obs0.15528 29908 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 16 229 1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9451703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72732648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.20223.84665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.98815199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6811511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.052597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8011.05596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3531.574750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2071.191645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.76932448
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.635537
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.7352621
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 107 -
Rwork0.213 2161 -
obs--98.05 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.4272 Å / Origin y: 24.1056 Å / Origin z: -7.391 Å
111213212223313233
T0.0136 Å2-0.0039 Å2-0.005 Å2-0.0038 Å20.0007 Å2--0.0165 Å2
L0.2805 °20.0375 °20.0843 °2-0.2567 °20.1184 °2--0.3053 °2
S-0.0028 Å °-0.0194 Å °0.0207 Å °-0.0468 Å °0.007 Å °0.0096 Å °0.013 Å °-0.0177 Å °-0.0042 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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