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- PDB-2gwn: The structure of putative dihydroorotase from Porphyromonas gingi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gwn
タイトルThe structure of putative dihydroorotase from Porphyromonas gingivalis.
要素dihydroorotase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Porphyromonas gingivalis / dihydroorotase / zinc-binding protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase activity / purine nucleobase catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase ...: / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CACODYLATE ION / : / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Borovilos, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of putative dihydroorotase from Porphyromonas gingivalis.
著者: Cuff, M.E. / Borovilos, M. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,98815
ポリマ－50,7271
非ポリマー1,26114
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.459, 86.873, 114.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-798-

HOH

21A-809-

HOH

31A-960-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 dihydroorotase


分子量: 50727.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: pyrC / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 34396991, UniProt: Q7MVW1*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 506分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Cacodylate pH6.5, 0.1M NaCl, glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97874, 0.97912
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978741
20.979121
反射解像度: 1.85→28.1 Å / Num. all: 36917 / Num. obs: 36917 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
CCP4位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Oモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→28.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.756 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.127
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19372 1855 5 %RANDOM
Rwork0.14875 ---
all0.15099 36917 --
obs0.15099 35062 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 58 492 4081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.9665156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5655478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14523.446177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91415639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7691531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22580
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.52404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22123770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23431563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3544.51386
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 135 -
Rwork0.165 2534 -
obs--99.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.223-0.3299-0.40662.75670.80863.5541-0.05820.46990.0098-0.3850.0298-0.0556-0.4308-0.00920.02840.1199-0.0415-0.01240.18830.00060.029810.203719.3399-9.7581
20.68930.27290.16870.91360.77871.7628-0.02360.12340.0896-0.0440.0509-0.0411-0.15670.0956-0.02730.0645-0.02340.00660.0378-0.00170.070820.313524.61312.8332
31.06020.4189-0.54631.398-0.64242.61730.0344-0.03750.14180.15050.05350.0955-0.3692-0.0955-0.08790.10220.01190.01030.0173-0.01230.078813.09429.546523.7707
428.3966-7.41363.43265.42190.27080.9481-0.3587-1.64340.57050.58140.1924-0.06420.019-0.23870.16640.1028-0.01560.01170.1571-0.0356-0.00678.943622.323337.4727
53.3797-1.82730.66931.4814-0.20880.8323-0.1023-0.2538-0.10520.1940.1173-0.03440.1013-0.067-0.0150.09450.00620.00890.0471-0.00040.080116.57688.537934.6672
61.1623-0.55760.34980.83630.1961.615-0.03940.0116-0.21220.03430.03690.04940.17020.0040.00250.0709-0.01510.01610.0017-0.01770.083816.26954.621.3974
70.73910.00910.14890.82080.28291.2293-0.00790.081-0.07060.0230.0142-0.01670.06290.0491-0.00630.0413-0.01170.01390.0298-0.02180.053719.289411.660614.9607
80.7547-0.16890.29440.87270.03721.4956-0.02940.20740.0242-0.09860.0499-0.0787-0.14960.189-0.02050.0584-0.050.01630.0768-0.01450.046321.732519.54724.2246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 421 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2AA43 - 10946 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3AA110 - 154113 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4AA155 - 175158 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5AA176 - 240179 - 243
6X-RAY DIFFRACTION6AA241 - 303244 - 306
7X-RAY DIFFRACTION7AA304 - 372307 - 375
8X-RAY DIFFRACTION8AA373 - 448376 - 451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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