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- PDB-5opg: Structure of the Hantaan virus Gn glycoprotein ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5opg
タイトルStructure of the Hantaan virus Gn glycoprotein ectodomain
要素envelope glycoprotein Gn
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / Gn / hantavirus envelope / bunyavirus / viral entry / viral attachment
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rissanen, I. / Stass, R. / Zeltina, A. / Li, S. / Hepojoki, J. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C. / Huiskonen, J.T. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009528/1 英国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural Transitions of the Conserved and Metastable Hantaviral Glycoprotein Envelope.
著者: Rissanen, I. / Stass, R. / Zeltina, A. / Li, S. / Hepojoki, J. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C. / Huiskonen, J.T. / Bowden, T.A.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_common_name
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: envelope glycoprotein Gn
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8438
ポリマ－41,0611
非ポリマー7827
水3,081171
1
A: envelope glycoprotein Gn
ヘテロ分子

A: envelope glycoprotein Gn
ヘテロ分子

A: envelope glycoprotein Gn
ヘテロ分子

A: envelope glycoprotein Gn
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,37132
ポリマ－164,2444
非ポリマー3,12728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area14830 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area51810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.906, 110.906, 180.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 envelope glycoprotein Gn


分子量: 41060.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hantaan orthohantavirus / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A077D153
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M citrate pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→78.42 Å / Num. obs: 30998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.2 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 1184141 / Scaling rejects: 534
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.15-2.2136.42.25322590.8830.3772.285100
9.62-78.4232.70.04241910.0070.04299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FXU

5fxu


解像度: 2.15→59.207 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 1574 5.1 %
Rwork0.2005 --
obs0.2019 30848 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.47 Å2 / Biso mean: 48.3992 Å2 / Biso min: 20.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→59.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2578 0 48 171 2797
Biso mean--68.9 47.14 -
残基数----334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4473673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3091624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.21940.30461260.29732619274599
2.2194-2.29870.35121500.28292575272598
2.2987-2.39080.33251460.26872595274199
2.3908-2.49960.33061480.2562608275699
2.4996-2.63140.28441500.241726232773100
2.6314-2.79620.30041390.228926482787100
2.7962-3.01210.27091430.220326502793100
3.0121-3.31520.26791420.197226712813100
3.3152-3.79490.17441460.176126852831100
3.7949-4.78080.14541330.149727412874100
4.7808-59.22950.19971510.187328593010100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8899-1.23112.69871.9903-1.22132.2087-0.01020.4433-0.1459-0.62250.04380.06540.18370.1021-0.0340.4877-0.1016-0.02670.51430.14650.30624.078635.330852.8096
21.04560.61110.31090.71660.93421.6568-0.25430.17240.4976-0.10230.0185-0.0143-0.5289-0.06050.27370.3183-0.068-0.00950.310.10480.369916.99234.90369.5335
33.4615-0.98161.5432.1973-0.48822.3557-0.20960.45040.4178-0.1793-0.09630.0672-0.38350.24840.30590.385-0.0597-0.02640.30140.11970.3584.997739.016763.3709
46.33853.07481.10693.5997-1.03124.037-0.64041.06460.5097-0.95720.42080.32830.2836-0.01810.18110.6866-0.0913-0.01260.58980.0730.3706-3.022332.666947.2081
52.96441.07580.64612.38460.50724.7348-0.09140.04210.0465-0.24510.02690.08170.0787-0.32690.04320.25020.0058-0.02720.19040.04820.2429-8.036828.253771.6048
65.6231-3.0179-1.89742.60190.15531.48330.02560.0885-0.2186-0.01590.1234-0.00430.05240.5225-0.12010.2957-0.03230.01660.24590.06820.301313.241623.293375.088
73.01751.03582.27231.37870.20515.0453-0.0137-0.0055-0.0593-0.1308-0.0211-0.02540.1937-0.2307-0.02480.2836-0.01210.03230.24250.0440.24371.38226.165271.3162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 54 )A21 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 96 )A55 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 153 )A97 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 154 through 201 )A154 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 275 )A202 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 276 through 324 )A276 - 324
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 325 through 371 )A325 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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