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- PDB-4jem: Crystal structure of MilB complexed with cytidine 5'-monophosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jem
タイトルCrystal structure of MilB complexed with cytidine 5'-monophosphate
要素CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
キーワードHYDROLASE / CMP N-glycosidase
機能・相同性Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.553 Å
データ登録者Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Reversal of the substrate specificity of CMP N-glycosidase to dCMP.
著者: Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
B: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4104
ポリマ－36,7632
非ポリマー6462
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.157, 100.386, 71.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase


分子量: 18381.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
遺伝子: MilB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y381
#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 18% PEG 8000, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日
放射モノクロメーター: cryocooled Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 44996 / Num. obs: 44996 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.64 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.580.3521100
1.58-1.611100
1.61-1.641100
1.64-1.67199
1.67-1.71199
1.71-1.75199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4JEL

4jel


解像度: 1.553→40.858 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.87 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 2270 5.05 %random
Rwork0.1862 ---
obs0.1876 44975 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.53 Å2 / Biso mean: 17.0707 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.553→40.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 42 194 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3223334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.165868
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5529-1.58670.26381320.21032628276098
1.5867-1.62360.22571370.19126852822100
1.6236-1.66420.2021550.189226452800100
1.6642-1.70920.23191440.186526282772100
1.7092-1.75950.22911630.183426482811100
1.7595-1.81630.21361420.183326622804100
1.8163-1.88120.22971430.18526702813100
1.8812-1.95650.23831320.188226842816100
1.9565-2.04560.23721250.189227182843100
2.0456-2.15340.21371400.177826482788100
2.1534-2.28830.21371390.179126952834100
2.2883-2.4650.21141540.192726292783100
2.465-2.7130.25611380.196126882826100
2.713-3.10540.20581380.200327022840100
3.1054-3.9120.18351460.18226802826100
3.912-40.87220.21611420.17552695283799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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