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- PDB-5sv6: Crystal structure of MxaJ from Methlophaga aminisulfidivorans MPT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sv6
タイトルCrystal structure of MxaJ from Methlophaga aminisulfidivorans MPT
要素Extracellular solute-binding protein, family 3
キーワードUNKNOWN FUNCTION / MxaJ / Methlophaga aminisulfidivorans / MDH / PBP
機能・相同性methanol catabolic process / Methanol oxidation system protein MoxJ / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / periplasmic space / BROMIDE ION / Extracellular solute-binding protein, family 3
機能・相同性情報
生物種Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Choi, J.M. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: MxaJ structure reveals a periplasmic binding protein-like architecture with unique secondary structural elements
著者: Choi, J.M. / Cao, T.P. / Kim, S.W. / Lee, K.H. / Lee, S.H.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein, family 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9202
ポリマ－32,8401
非ポリマー801
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.127, 63.761, 99.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein, family 3 / MxaJ


分子量: 32839.879 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-281 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)
株: MP / 遺伝子: mxaJ / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3FJ49
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium bromide, 20%(w/v) PEG 3350, 10%(w/v) glycerol, 0.1M Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 18684 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 0.69
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 16.049 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.728 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 21.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 1848 10.17 %Random
Rwork0.1779 ---
obs0.1841 18174 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 1 285 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.042677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.148755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9193-1.97120.2481310.15961119X-RAY DIFFRACTION88
1.9712-2.02920.23621400.15671183X-RAY DIFFRACTION94
2.0292-2.09470.21711390.15731211X-RAY DIFFRACTION96
2.0947-2.16950.22411420.15411239X-RAY DIFFRACTION96
2.1695-2.25630.26161390.15721212X-RAY DIFFRACTION96
2.2563-2.3590.22571390.16011242X-RAY DIFFRACTION97
2.359-2.48330.23261440.18921261X-RAY DIFFRACTION98
2.4833-2.63880.22641410.18541267X-RAY DIFFRACTION99
2.6388-2.84240.25791420.19091286X-RAY DIFFRACTION99
2.8424-3.12810.28241420.19751281X-RAY DIFFRACTION99
3.1281-3.58010.22331460.17951302X-RAY DIFFRACTION100
3.5801-4.50810.21151470.17161327X-RAY DIFFRACTION100
4.5081-29.73110.26111560.19311396X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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