PDB-4jco: 1.7 A resolution structure of wild type malate dehydrogenase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jco

タイトル

1.7 A resolution structure of wild type malate dehydrogenase from haloarcula marismortui

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HALOPHILE / MALATE DEHYDROGENASE TRICARBOXYLIC ACID CYCLE

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haloarcula marismortui (好塩性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / FOURIER, DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vellieux, F.M.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.7 A resolution structure of wild type malate dehydrogenase from haloarcula marismortui
著者: Vellieux, F.M.D.

履歴

登録	2013年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jco.cif.gz	506.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jco.ent.gz	416.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4jco_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jco_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	4jco_validation.xml.gz	57.7 KB	表示
CIF形式データ	4jco_validation.cif.gz	90.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j5kS 1d3a 1hlp 1o6z 2hlp 2j5q 2j5r 2x0r S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1d3a-1 2hlp-1 2j5k-d 2j5q-d 1o6z-d 4cl3-1 2x0r-1 1gv1-d 2x8l-1 4bgu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.813, 114.065, 124.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-760- HOH

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 32837.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: HMS174 / 遺伝子: mdh, rrnAC2706 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07841, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 58% MPD, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→123.792 Å / Num. obs: 192220 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.79 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.52
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.79 % / R_merge(I) obs: 1.224 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: FOURIER, DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 2J5K

2j5k

解像度: 1.7→42.964 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	9607	5 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.2257	192185	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9204	0	39	1468	10711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9505
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.175	12955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.617	3517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1437
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1792

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3698	320	0.3274	6090	100
1.7193-1.7395	0.3444	321	0.325	6106	100
1.7395-1.7608	0.3248	317	0.3087	6014	100
1.7608-1.783	0.3117	320	0.3006	6090	100
1.783-1.8065	0.3394	323	0.3025	6127	100
1.8065-1.8313	0.34	315	0.2926	5994	100
1.8313-1.8574	0.3318	323	0.2853	6131	100
1.8574-1.8851	0.3215	318	0.2736	6045	100
1.8851-1.9146	0.2965	321	0.2662	6088	100
1.9146-1.946	0.3072	321	0.2544	6100	100
1.946-1.9795	0.2788	320	0.2391	6086	100
1.9795-2.0155	0.2694	318	0.2402	6049	100
2.0155-2.0543	0.2759	321	0.2395	6099	100
2.0543-2.0962	0.2965	319	0.2348	6045	100
2.0962-2.1418	0.2938	322	0.2311	6120	100
2.1418-2.1916	0.2854	320	0.2293	6086	99
2.1916-2.2464	0.2792	319	0.2286	6062	100
2.2464-2.3072	0.2572	319	0.2256	6073	99
2.3072-2.3751	0.2554	321	0.2288	6095	99
2.3751-2.4517	0.2566	318	0.2284	6044	99
2.4517-2.5393	0.2725	318	0.2265	6043	99
2.5393-2.641	0.2556	319	0.225	6068	99
2.641-2.7612	0.2501	321	0.2223	6089	99
2.7612-2.9067	0.2715	320	0.2177	6088	100
2.9067-3.0888	0.251	320	0.2095	6083	99
3.0888-3.3272	0.2482	322	0.2129	6107	100
3.3272-3.6619	0.2401	322	0.2006	6132	100
3.6619-4.1913	0.1949	322	0.1818	6116	100
4.1913-5.2791	0.19	324	0.1756	6147	99
5.2791-42.9778	0.218	323	0.2102	6161	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7705	-0.3442	-1.0941	0.6359	0.5116	2.2034	0.0525	0.0458	0.0738	-0.1138	-0.1042	0.0491	-0.4446	-0.1564	0.0577	0.268	0.0119	-0.0238	0.1753	-0.0567	0.1562	13.4566	20.6785	35.4858
2	7.2169	-0.7722	1.1153	2.069	1.546	5.3094	-0.0196	0.2628	0.056	0.1467	-0.1049	0.3651	0.0668	-0.5201	0.065	0.2202	0.0347	-0.0082	0.3298	-0.1035	0.2166	-0.7133	19.0139	39.4854
3	1.039	-0.6784	0.1284	1.3056	-0.1	1.0758	-0.0427	-0.0076	-0.0041	0.1507	-0.0651	0.0489	-0.0709	-0.0672	0.0889	0.2226	-0.0299	0.0228	0.1675	-0.0668	0.098	19.1552	9.0375	52.0984
4	0.2448	-0.2173	0.2092	2.4835	-0.574	3.3768	-0.1057	-0.2844	0.1144	0.9161	0.0339	-0.4259	-0.5358	0.2568	0.077	0.4081	-0.0407	-0.0486	0.3376	-0.0863	0.2389	32.1807	12.1719	61.535
5	2.1113	1.4743	0.3615	3.1571	1.0561	0.9975	-0.0262	0.0411	0.1373	0.1272	0.0704	0.0399	-0.3051	0.0767	0.0006	0.2651	-0.0106	0.009	0.1504	-0.0293	0.0959	21.4018	12.8225	41.9997
6	1.7911	-0.6095	-0.0078	2.1196	-0.0022	2.1032	-0.0402	-0.2204	-0.1009	0.4329	-0.0409	0.1286	0.287	-0.1806	0.1084	0.3207	-0.0467	0.0593	0.2573	-0.0462	0.1508	11.4085	5.3055	57.8331
7	0.5041	-0.8192	-0.6566	2.492	2.788	3.4045	0.1067	-0.0478	0.0841	0.1732	-0.1118	0.1945	-0.3057	-0.31	0.8073	0.5052	-0.0668	0.2483	0.3835	-0.2787	0.5118	1.7565	21.6352	60.249
8	1.9131	0.8671	-0.4207	0.7365	-0.1951	0.699	0.0698	-0.1688	0.13	0.2402	-0.1404	-0.0205	-0.3199	0.2511	0.0615	0.2172	-0.0679	-0.0428	0.1816	-0.0111	0.1526	38.6442	17.3094	39.1604
9	5.7693	-2.5876	2.1625	1.2727	-0.9512	3.6681	-0.0711	0.2612	0.407	0.7586	0.3225	0.1515	-0.7834	-0.6811	0.0744	1.6279	0.4932	0.3651	1.0351	0.0354	0.6987	34.6662	38.4483	26.8648
10	6.3117	-3.9364	3.3976	6.2468	-4.3356	8.9365	0.0253	-0.5957	0.5025	0.1681	-0.1576	-0.5157	-1.2968	0.0121	0.1102	0.536	-0.1572	0.0113	0.3188	0.0116	0.2881	46.2186	32.5306	25.7495
11	7.0034	1.806	3.7586	0.8189	0.1955	3.7092	0.4231	0.5762	-0.2421	-0.0677	0.4594	-1.0525	-0.222	1.0372	-0.5067	0.3236	-0.1631	0.0882	0.7446	-0.1057	0.691	55.6181	17.9726	33.8611
12	1.3825	0.6629	0.4617	0.4267	0.4731	1.2497	-0.0024	-0.0586	0.0696	-0.0507	-0.0492	-0.0726	-0.1216	0.1207	0.0645	0.217	-0.0356	0.0061	0.1239	0.0211	0.1529	33.7325	18.3016	15.754
13	0.5322	-0.0703	-0.1364	1.7683	-0.2191	2.2908	-0.043	0.0163	0.1899	-0.0497	0.013	0.0862	-0.521	-0.2166	0.0636	0.3358	-0.0214	-0.0076	0.1568	0.0085	0.2233	24.4206	22.8272	17.7367
14	0.3855	0.2627	-0.1545	1.9134	-0.6075	1.7224	-0.0141	0.0342	0.0589	-0.021	-0.0228	-0.2027	-0.2427	0.285	0.0363	0.2293	-0.0455	0.027	0.1869	0.0156	0.1821	42.3058	18.2813	10.9969
15	2.0556	0.3988	0.8941	1.0355	0.3398	2.2727	0.0136	-0.1129	-0.1248	0.172	-0.0809	0.0529	0.2567	-0.1832	0.0664	0.2154	-0.0253	0.0529	0.1461	-0.0268	0.1248	15.407	-19.2851	29.2082
16	3.6445	-1.4128	-3.3329	2.8428	2.8195	7.8304	-0.0356	-0.0383	-0.0275	-0.1637	0.0139	0.0535	0.4571	0.0436	0.0471	0.3003	-0.0601	0.0122	0.1827	-0.0432	0.2236	9.2519	-26.0873	12.2141
17	1.1071	0.6544	-0.3256	0.9072	-0.3184	0.6757	-0.0729	0.1427	-0.0388	-0.1664	0.0022	0.0122	0.0281	-0.0722	0.0687	0.1708	-0.0017	0.0117	0.138	-0.0442	0.1099	21.4135	-9.558	8.6454
18	0.6912	0.5706	-0.6603	2.1308	-2.5856	3.9205	-0.0325	0.1305	-0.1411	-0.6721	-0.0525	-0.1765	0.5017	0.3663	0.0944	0.4033	0.0413	0.0686	0.2287	-0.0406	0.1809	35.1393	-14.6391	3.0663
19	1.8616	-1.2751	1.1134	1.8539	-1.299	0.9565	-0.016	-0.0149	-0.0212	0.1274	-0.0456	0.0907	-0.0347	-0.0738	0.0465	0.2149	-0.0142	0.0239	0.1422	-0.0384	0.092	20.122	-8.599	19.5633
20	2.1309	0.6912	-0.6041	2.0476	-0.3498	3.5442	-0.0902	0.2531	-0.0067	-0.314	-0.0274	0.1031	-0.3304	-0.1429	0.0847	0.1914	0.0131	-0.0251	0.1593	-0.0396	0.1131	14.0649	-5.0975	2.0285
21	3.3799	-1.1466	-0.2943	2.8525	2.151	5.1726	0.1499	-0.003	-0.2345	-0.5273	-0.4205	0.396	0.4078	-0.2911	0.2891	0.4813	-0.0267	0.0094	0.2787	-0.1065	0.1964	9.6792	-20.5665	-2.8873
22	2.3774	-1.1299	1.2314	1.9026	-0.749	2.0084	-0.0135	0.1108	-0.0978	-0.0688	-0.066	-0.0805	0.1216	0.2102	0.0737	0.1232	0.0063	0.0367	0.1389	0.0089	0.1029	38.0485	-16.0553	22.668
23	3.5364	0.208	0.5616	0.0304	0.2691	3.0736	-0.1152	0.5703	0.1106	-0.181	-0.1008	-0.2526	0.0784	0.6038	0.1156	0.1297	0.0338	0.0627	0.2577	0.068	0.2177	47.9549	-15.5027	23.9826
24	1.427	2.4824	-2.7276	4.3192	-4.7447	5.2122	0.5539	-0.369	-0.516	0.0018	-0.0593	0.6682	1.7908	-1.0282	-0.3296	0.8526	-0.1595	-0.2426	0.3959	0.1214	0.5366	39.1317	-33.8843	34.7596
25	3.0387	0.4599	-1.7395	4.2307	-1.6393	3.6265	-0.1472	0.4859	-0.2553	0.1341	0.2229	0.1712	0.9125	0.1262	0.2327	0.3708	0.0902	0.0311	0.3766	0.0388	0.2845	49.5423	-28.8828	35.8071
26	1.52	-0.9338	0.0833	1.0809	0.1436	1.3246	-0.0604	-0.0306	-0.093	0.1609	-0.0015	-0.0297	0.1329	0.0795	0.0587	0.2327	-0.0171	0.009	0.1157	0.0299	0.1359	31.9984	-18.6329	47.3347
27	1.8715	0.7609	0.6919	1.8771	0.4953	1.7955	-0.0711	-0.0018	-0.0929	0.0178	0.0636	-0.0087	0.2806	0.0915	0.0516	0.1567	0.0343	0.0324	0.1015	0.0234	0.1308	31.333	-17.5059	37.1911
28	1.2047	-0.8679	-0.1984	2.5392	-0.7807	2.6002	-0.1016	-0.1834	-0.0109	0.2066	-0.0745	-0.191	0.1305	0.3273	0.1463	0.2313	-0.0079	-0.023	0.2191	0.0504	0.166	42.5441	-19.5548	53.4432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 22:119)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 120:132)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 133:212)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 219:238)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 239:266)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 267:325)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 326:330)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 22:98)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 99:106)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 107:128)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 129:132)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 133:212)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 219:259)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 260:330)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 22:100)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 101:132)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 133:212)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 219:244)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 245:270)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 271:319)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 320:330)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 22:76)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 77:95)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 96:106)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN D AND RESID 107:132)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN D AND RESID 132:233)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN D AND RESID 234:270)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN D AND RESID 271:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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