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- PDB-4j8r: Structure of an octapeptide repeat of the prion protein bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j8r
タイトルStructure of an octapeptide repeat of the prion protein bound to the POM2 Fab antibody fragment
要素
  • Heavy chain of POM2 Fab
  • Light chain of POM2 Fab
  • Major prion protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / Fab / Antibody / Octapeptide repeat / Mouse prion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / lamin binding / regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / ATP-dependent protein binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of interleukin-17 production ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / lamin binding / regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / ATP-dependent protein binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of interleukin-17 production / negative regulation of dendritic spine maintenance / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / nucleobase-containing compound metabolic process / response to copper ion / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / activation of protein kinase activity / cuprous ion binding / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / : / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of long-term synaptic potentiation / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of protein targeting to membrane / side of membrane / response to cadmium ion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / inclusion body / cellular response to copper ion / neuron projection maintenance / negative regulation of protein phosphorylation / molecular condensate scaffold activity / molecular function activator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / protein destabilization / protein homooligomerization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / terminal bouton / cellular response to amyloid-beta / regulation of protein localization / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / protein-folding chaperone binding / microtubule binding / nuclear membrane / protease binding / response to oxidative stress / transmembrane transporter binding / molecular adaptor activity / postsynaptic density / learning or memory / membrane raft / copper ion binding / dendrite / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Immunoglobulins ...Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Swayampakula, M. / Baral, P.K. / Kav, N.N.V. / Aguzzi, A. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of an octapeptide repeat of the Prion protein in complex with a Fab fragment of the POM2 antibody.
著者: Swayampakula, M. / Baral, P.K. / Aguzzi, A. / Kav, N.N. / James, M.N.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Other
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain of POM2 Fab
B: Heavy chain of POM2 Fab
I: Major prion protein
C: Light chain of POM2 Fab
D: Heavy chain of POM2 Fab
J: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9126
ポリマ－95,9126
非ポリマー00
水2,972165
1
A: Light chain of POM2 Fab
B: Heavy chain of POM2 Fab
I: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9563
ポリマ－47,9563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
C: Light chain of POM2 Fab
D: Heavy chain of POM2 Fab
J: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9563
ポリマ－47,9563
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.415, 71.567, 207.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

#1: 抗体 Light chain of POM2 Fab


分子量: 23133.510 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 67-82 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Heavy chain of POM2 Fab


分子量: 23188.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Major prion protein / PrP / PrP27-30 / PrP33-35C


分子量: 1633.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P04925
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 1000, 0.1M HEPES, 0.2M Calcium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月28日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.6 Å / Num. all: 44155 / Num. obs: 44080 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.24 % / Biso Wilson estimate: 47.98 Å2 / Net I/σ(I): 10.82
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
autoXDSデータ削減
autoXDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DGI

4dgi


解像度: 2.303→39.597 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The Rmeas for the data collection is 0.161 (overall data)
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 2215 5.03 %
Rwork0.2468 --
obs0.2474 44006 99.83 %
all-41792 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å / Luzzati d res low obs: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→39.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6626 0 0 165 6791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0286797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9339247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.782403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1671040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3029-2.3530.34711380.34062504X-RAY DIFFRACTION98
2.353-2.40770.32091370.34982592X-RAY DIFFRACTION100
2.4077-2.46790.39551380.34012569X-RAY DIFFRACTION100
2.4679-2.53460.34021320.32872574X-RAY DIFFRACTION100
2.5346-2.60920.34461300.31692600X-RAY DIFFRACTION100
2.6092-2.69340.30351400.31722567X-RAY DIFFRACTION100
2.6934-2.78970.32931460.31042564X-RAY DIFFRACTION100
2.7897-2.90130.32041240.29822605X-RAY DIFFRACTION100
2.9013-3.03330.30671300.28082623X-RAY DIFFRACTION100
3.0333-3.19320.32081490.27432578X-RAY DIFFRACTION100
3.1932-3.39310.29911610.25672590X-RAY DIFFRACTION100
3.3931-3.6550.25481340.23832625X-RAY DIFFRACTION100
3.655-4.02240.22661500.21842625X-RAY DIFFRACTION100
4.0224-4.60370.16861310.19122650X-RAY DIFFRACTION100
4.6037-5.79730.19841380.22684X-RAY DIFFRACTION100
5.7973-39.60310.23581370.23262841X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.0193 Å / Origin y: -13.508 Å / Origin z: 27.3858 Å
111213212223313233
T0.3912 Å2-0.0266 Å2-0.037 Å2-0.3517 Å20.0073 Å2--0.4468 Å2
L-0.1498 °2-0.1973 °20.0299 °2-0.3556 °2-0.1949 °2--0.0682 °2
S-0.0202 Å °0.0084 Å °-0.0082 Å °-0.0262 Å °0.021 Å °0.0284 Å °-0.0098 Å °-0.0005 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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