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万見
- PDB-4j39: Crystal structure of p19 in complex with double-helical 19mer RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j39
タイトルCrystal structure of p19 in complex with double-helical 19mer RNA p(CAG)3C(CUG)3
要素
  • 5'-R(P*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
  • RNA silencing suppressor p19
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA silencing suppression / trinucleotide repeats / dimer / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA silencing suppressor P19 / Tombusvirus p19 core protein / Tombusvirus P19 superfamily / Tombusvirus P19 core protein / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA silencing suppressor p19
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tamjar, J. / Popov, A.N. / Malinina, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Procrustean bed of RNA silencing suppression
著者: Katorcha, E. / Tamjar, J. / Popov, A.N. / Malinina, L.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA silencing suppressor p19
B: 5'-R(P*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9666
ポリマ－20,5822
非ポリマー3844
水2,720151
1
A: RNA silencing suppressor p19
B: 5'-R(P*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
ヘテロ分子

A: RNA silencing suppressor p19
B: 5'-R(P*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,93212
ポリマ－41,1644
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.611, 90.611, 148.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

21A-365-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A P19 HOMODIMER BOUND TO DOUBLE-STRANDED RNA.

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要素

#1: タンパク質 RNA silencing suppressor p19 / 19 kDa symptom severity modulator


分子量: 14513.208 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
遺伝子: ORF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69517
#2: RNA鎖 5'-R(P*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量: 6068.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: siRNA p(CAG)3C(CUG)3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.3 mM ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 25529 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 2.286 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20695 1255 4.9 %RANDOM
Rwork0.18048 ---
obs0.18175 24226 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.77 Å21.39 Å20 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----4.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数990 405 20 151 1566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0211521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4792.3062154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.59532205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9635120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42722.40754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34715181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3731511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2180.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.279
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3890.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.811.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5351.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0032982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2613914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5434.51172
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.748 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 101 -
Rwork0.295 1604 -
obs--90.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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