ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | ADSC | Quantumデータ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | REFMAC | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1R9F 解像度: 1.95→19.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2369 / WRfactor Rwork: 0.2006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.8381 / SU B: 6.67 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.0421 / SU Rfree: 0.0352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2342 | 1632 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1962 | - | - | - |
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obs | 0.1981 | 30613 | 99.19 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 93.1 Å2 / Biso mean: 36.6245 Å2 / Biso min: 21.36 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 12.18 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 12.18 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -24.35 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.3 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2004 | 844 | 22 | 223 | 3093 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.019 | 0.016 | 3914 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.006 | 0.02 | 2636 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.032 | 1.621 | 5678 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.445 | 3 | 6158 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.757 | 5 | 244 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg37.853 | 22.157 | 102 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.987 | 15 | 336 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg21.029 | 15 | 20 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.209 | 0.2 | 602 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 3224 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.004 | 0.02 | 934 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it2.198 | 3.009 | 988 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_other2.199 | 3.005 | 987 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it3.006 | 4.478 | 1228 | | | | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION Ens-ID | Dom-ID | Auth asym-ID | 数 | タイプ | Rms dev position (Å) | Weight position |
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1 | 1 | A1941 | TIGHT THERMAL1.14 | 0.5 | 2 | 1 | B586 | MEDIUM POSITIONAL0.03 | 0.5 | 2 | 1 | B586 | MEDIUM THERMAL0.46 | 2 | 2 | 2 | B616 | MEDIUM POSITIONAL0.03 | 0.5 | 2 | 2 | B616 | MEDIUM THERMAL0.57 | 2 | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.349 | 96 | - |
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Rwork | 0.284 | 2242 | - |
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all | - | 2338 | - |
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obs | - | - | 98.4 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.1515 | -0.0196 | -0.1476 | 0.1257 | 0.0887 | 0.5274 | -0.0057 | -0.004 | -0.0097 | -0.0024 | -0.0078 | 0.0094 | -0.0223 | 0.022 | 0.0135 | 0.0046 | -0.0029 | 0.0032 | 0.0032 | -0.0023 | 0.005 | 18.5168 | 32.0596 | -0.0002 | 2 | 0.2797 | -0.0971 | 0.4039 | 0.1218 | -0.251 | 0.809 | -0.015 | -0.0128 | 0.0582 | -0.0083 | -0.0129 | -0.0309 | -0.0562 | 0.033 | 0.0279 | 0.0624 | -0.0052 | 0.0129 | 0.0515 | -0.0089 | 0.1073 | 26.7515 | 46.3161 | -0.0056 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A2 - 127 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | D2 - 127 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B401 - 420 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | G401 - 420 | | | | |
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