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- PDB-2ozp: Crystal structure of N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozp
タイトルCrystal structure of N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase (TTHA1904) from Thermus thermophilus
要素N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Amino acid biosynthesis / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


[amino-group carrier protein]-6-phospho-L-2-aminoadipate reductase / N-acetyl-gamma-aminoadipyl-phosphate reductase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
[LysW]-L-2-aminoadipate/[LysW]-L-glutamate phosphate reductase / : / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain ...[LysW]-L-2-aminoadipate/[LysW]-L-glutamate phosphate reductase / : / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / [LysW]-L-2-aminoadipate 6-phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase (TTHA1904) from Thermus thermophilus
著者: Rehse, P.H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell / Item: _refine_ls_shell.percent_reflns_obs
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,77110
ポリマ－38,2841
非ポリマー4869
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子

A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子

A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子

A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,08240
ポリマ－153,1374
非ポリマー1,94536
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area23000 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)144.957, 144.957, 85.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1094-

HOH

21A-1271-

HOH

31A-1282-

HOH

41A-1294-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase


分子量: 38284.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: Q5SH26, N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80mM Sodium Hepes, 1.6% PEG 400, 1.6M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97882, 0.97935, 0.90000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978821
20.979351
30.91
Reflection

Χ2: 1 / D res low: 50 Å / % possible obs: 100

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsD res high (Å)Num. obs
21.3113.37560850.0912.0135565
21.2213.16536270.0872.1130890
21.2312.56711620.0892.0931716
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.335010010.048118.7
3.444.3310010.048120.5
33.4410010.065121
2.73310010.1121.4
2.532.7310010.126121.6
2.382.5310010.173121.8
2.262.3810010.232121.9
2.172.2610010.283122
2.082.1710010.401122
2.012.0810010.489122
4.545010020.042118.4
3.614.5410020.043120.4
3.153.6110020.056120.9
2.863.1510020.09121.3
2.662.8610020.134121.5
2.52.6610020.164121.7
2.382.510020.232121.8
2.272.3810020.299121.9
2.192.2710020.37121.9
2.112.1910020.498122
4.55010030.043118.3
3.574.510030.043120.3
3.123.5710030.057120.9
2.843.1210030.094121.3
2.632.8410030.135121.6
2.482.6310030.167121.7
2.352.4810030.234121.9
2.252.3510030.3122
2.162.2510030.35122
2.092.1610030.486122
反射解像度: 2.01→126 Å / Num. all: 35565 / Num. obs: 64827 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 3480 / Χ2: 1 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97884.36-4.98
13 wavelength20.92.87-4.42
13 wavelength30.97932.52-10.12
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se27.6050.4740.4150.1040.969
2Se12.2530.540.4670.0680.841
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.67 / 反射: 35530 / Reflection acentric: 31104 / Reflection centric: 4426
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-47.4480.960.970.9317011171530
3.6-5.70.940.960.8948434000843
2.9-3.60.870.880.859835195788
2.5-2.90.760.770.6559425283659
2.2-2.50.580.590.491054495111033
2-2.20.350.360.2765175944573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.01→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 3227 4.8 %random
Rwork0.185 ---
all0.185 64827 --
obs0.185 35565 97.3 %-
溶媒の処理Bsol: 52.206 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 27.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.387 Å2-1.533 Å20 Å2
2---3.387 Å20 Å2
3---6.774 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2670 0 31 301 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0071761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.540882
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.937282
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.934562.5
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3125 325 -
Rwork0.2401 --
obs-6216 93.65 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4lig.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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