[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4e6b: Crystal Structure of statistically disordered 19mer duplex p(CGG)... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e6b | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of statistically disordered 19mer duplex p(CGG)3C(CUG)3 | ||||||||||||||||||
![]() | (5'-R(P*![]() RNA / siRNA / trinucleotide repeat expansion | Function / homology | RNA | ![]() Method | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Malinina, L. / Popov, A. / Tamjar, J. | ![]() ![]() Title: Structural dynamics of double-helical RNAs composed of CUG/CUG- and CUG/CGG-repeats. Authors: Tamjar, J. / Katorcha, E. / Popov, A. / Malinina, L. History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 17.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 12 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 398.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 398.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 3.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||||||||
Details | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A 19-MER RNA DUPLEX. DUE TO STATISTICAL DISORDER WITHIN THE CRYSTAL, REMARK 350 REPRESENTS THE ASYMMETRIC UNIT. |
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 1255.818 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / Source method: obtained synthetically / Details: p(CGG)3C(CUG)3 #2: RNA chain | Mass: 1255.818 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / Source method: obtained synthetically / Details: p(CGG)3C(CUG)3 #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | IN THE CRYSTAL, RNA 19-MER P(CGG)3C(CUG)3 PACKS IN A PSEUDO-CONTINUOUS DOUBLE HELIX WITH A 4-BASE ...IN THE CRYSTAL, RNA 19-MER P(CGG)3C(CUG)3 PACKS IN A PSEUDO-CONTINUOUS | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.86 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 1.9 mM ammonium sulfate, 5% isopropanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 25, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.47→30 Å / Num. obs: 3488 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.259 / Net I/σ(I): 24.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.28 Å2 / Biso mean: 31.9728 Å2 / Biso min: 23.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.47→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
|