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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j30 | ||||||
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タイトル | Structure of the effector - immunity system Tae4 / Tai4 from Salmonella typhimurium, selenomethionine variant | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN/INHIBITOR / N1pC/P60 papain like cysteine peptidase Tae4 / peptidoglycan hydrolase / immunity protein Tai4 / Tae4: cytoplasmatic / Tai4: periplasmatic / TOXIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex ...endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Benz, J. / Reinstein, J. / Meinhart, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Structural Insights into the Effector - Immunity System Tae4/Tai4 from Salmonella typhimurium. 著者: Benz, J. / Reinstein, J. / Meinhart, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j30.cif.gz | 113.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4j30.ent.gz | 94.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4j30_validation.pdf.gz | 460.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4j30_full_validation.pdf.gz | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4j30_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4j30_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/4j30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/4j30 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19603.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q93IS4 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11758.077 Da / 分子数: 1 Fragment: periplasmatic inhibitor domain (UNP residues 27-127) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8ZRL5 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-FLC / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ETX / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 200 mM tri-sodium citrate pH 6.0, 30 % (v/v) 2-ethoxyethanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月18日 / 詳細: Dynamically bendable mirror |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 36560 / Num. obs: 36560 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 43 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 4358 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.127 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.882 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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