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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5d4u | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | SAM-bound HcgC from Methanocaldococcus jannaschii | |||||||||
Components | Uncharacterized protein MJ0489 | |||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Rossmann-like fold | |||||||||
| Function / homology | FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / S-ADENOSYLMETHIONINE / Uncharacterized protein MJ0489 Function and homology information | |||||||||
| Biological species | ![]() Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
| Funding support | Japan, Germany, 2items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2016Title: Identification of HcgC as a SAM-Dependent Pyridinol Methyltransferase in [Fe]-Hydrogenase Cofactor Biosynthesis. Authors: Fujishiro, T. / Bai, L. / Xu, T. / Xie, X. / Schick, M. / Kahnt, J. / Rother, M. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 5d4u.cif.gz | 434.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5d4u.ent.gz | 357 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5d4u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 5d4u_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5d4u_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 5d4u_validation.xml.gz | 42.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5d4u_validation.cif.gz | 58.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/5d4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/5d4u | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5d4tSC ![]() 5d4vC ![]() 5d5oC ![]() 5d5tC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
| #1: Protein | Mass: 30566.113 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Rossmann-like domain, residues 1-268 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Methanocaldococcus jannaschii (archaea)Gene: MJ0489 / Plasmid: pET24b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-SAM / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.86 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 2% (w/v) PEG8000, 0.5 M lithium sulfate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: A double-crystal Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 71397 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 12.66 / Num. measured all: 280088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5D4T Resolution: 2→42.798 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.62 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 106.6 Å2 / Biso mean: 33.9868 Å2 / Biso min: 14.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→42.798 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi





Methanocaldococcus jannaschii (archaea)
X-RAY DIFFRACTION
Japan,
Germany, 2items
Citation













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