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Yorodumi- PDB-5d5t: SeMet-labelled HcgC from Methanocaldococcus jannaschii in P1 spac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d5t | |||||||||
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Title | SeMet-labelled HcgC from Methanocaldococcus jannaschii in P1 space group | |||||||||
Components | Uncharacterized protein MJ0489 | |||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Rossmann-like fold | |||||||||
Function / homology | FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / Uncharacterized protein MJ0489 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
Funding support | Japan, Germany, 2items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2016 Title: Identification of HcgC as a SAM-Dependent Pyridinol Methyltransferase in [Fe]-Hydrogenase Cofactor Biosynthesis. Authors: Fujishiro, T. / Bai, L. / Xu, T. / Xie, X. / Schick, M. / Kahnt, J. / Rother, M. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5d5t.cif.gz | 409 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5d5t.ent.gz | 339.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5d5t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5d5t_validation.pdf.gz | 448.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5d5t_full_validation.pdf.gz | 454.6 KB | Display | |
Data in XML | 5d5t_validation.xml.gz | 37.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5d5t_validation.cif.gz | 52.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5t | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5d4tSC 5d4uC 5d4vC 5d5oC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 30847.480 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Rossmann-like domain, residues 2-268 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Gene: MJ0489 / Plasmid: pET24b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q57913 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 22.5 % (w/v) PEP426, 90 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 45 mM magnesium chloride and 0.2 M 2,2,2-trifluoroethanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: A double-crystal Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 78917 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27.16 Å2 / Rmerge F obs: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 9.52 / Num. measured all: 272312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5D4T Resolution: 2.4→42.837 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / Phase error: 27.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.3 Å2 / Biso mean: 36.6985 Å2 / Biso min: 6.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→42.837 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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