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万見
- PDB-3i4y: Crystal structure determination of Catechol 1,2-Dioxygenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i4y
タイトルCrystal structure determination of Catechol 1,2-Dioxygenase from Rhodococcus opacus 1CP in complex with 3,5-dichlorocatechol
要素Catechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-sandwich / Aromatic hydrocarbons catabolism / Dioxygenase / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / catabolic process / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain-like / Catechol 1,2-dioxygenase, actinobacteria / Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. ...Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain-like / Catechol 1,2-dioxygenase, actinobacteria / Catechol 1,2-dioxygenase multimerisation domain / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Helix non-globular / Special / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-dichlorobenzene-1,2-diol / Chem-6PL / : / Catechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus opacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Matera, I. / Ferraroni, M. / Kolomytseva, M. / Briganti, F. / Scozzafava, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Catechol 1,2-dioxygenase from the Gram-positive Rhodococcus opacus 1CP: Quantitative structure/activity relationship and the crystal structures of native enzyme and catechols adducts.
著者: Matera, I. / Ferraroni, M. / Kolomytseva, M. / Golovleva, L. / Scozzafava, A. / Briganti, F.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7324
ポリマ－29,7341
非ポリマー9983
水4,125229
1
A: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子

A: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4648
ポリマ－59,4682
非ポリマー1,9966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8610 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.818, 37.619, 74.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-291-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catechol 1,2-dioxygenase / 1 / 2-CTD


分子量: 29734.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: grown on benzoate / 由来: (天然) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: 1CP / 参照: UniProt: P95607, catechol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-35C / 3,5-dichlorobenzene-1,2-diol


分子量: 179.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4Cl2O2
#4: 化合物 ChemComp-6PL / (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 763.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400 38%, MGCL2 0.1 M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.0028 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0028 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→74.7 Å / Num. all: 21143 / Num. obs: 21143 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2943 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HGI

3hgi


解像度: 1.85→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.669 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26712 1081 5.1 %RANDOM
Rwork0.20384 ---
obs0.20705 20060 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.908 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20.02 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→74.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 52 229 2283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9692886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5065257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88825.05297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.96815315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.997158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.51314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69522067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4583952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5844.5818
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 79 -
Rwork0.289 1406 -
obs--92.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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