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万見
- PDB-4j2t: Inhibitor-bound Ca2+ ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2t
タイトルInhibitor-bound Ca2+ ATPase
要素SERCA1a
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / P-type ATPase / calcium transport / Thapsigargin analog / Sarco(endo)plasmic reticulum / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1HT / : / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Calcium-transporting ATPase / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Paulsen, E.S. / Villadsen, J. / Tenori, E. / Liu, H. / Lie, M.A. / Bonde, D.F. / Bublitz, M. / Olesen, C. / Autzen, H.E. / Dach, I. ...Paulsen, E.S. / Villadsen, J. / Tenori, E. / Liu, H. / Lie, M.A. / Bonde, D.F. / Bublitz, M. / Olesen, C. / Autzen, H.E. / Dach, I. / Sehgal, P. / Moller, J.V. / Schiott, B. / Nissen, P. / Christensen, S.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Water-mediated interactions influence the binding of thapsigargin to sarco/endoplasmic reticulum calcium adenosinetriphosphatase.
著者: Paulsen, E.S. / Villadsen, J. / Tenori, E. / Liu, H. / Bonde, D.F. / Lie, M.A. / Bublitz, M. / Olesen, C. / Autzen, H.E. / Dach, I. / Sehgal, P. / Nissen, P. / Moller, J.V. / Schiott, B. / Christensen, S.B.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / diffrn_source
Item: _audit_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERCA1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0974
ポリマ－109,6031
非ポリマー1,4943
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.900, 70.900, 587.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SERCA1a


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: fast twitch skeletal muscle
参照: UniProt: B6CAM1, UniProt: P04191*PLUS, Ca2+-transporting ATPase
#2: 化合物 ChemComp-1HT / (3S,3aR,4S,6S,6aR,7S,8S,9bS)-6-(acetyloxy)-3a,4-bis(butanoyloxy)-3-hydroxy-3,6,9-trimethyl-8-{[(2E)-2-methylbut-2-enoyl]oxy}-2-oxo-2,3,3a,4,5,6,6a,7,8,9b-decahydroazuleno[4,5-b]furan-7-yl octanoate


分子量: 720.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H56O13
#3: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM magnesium chloride, 23% w/v PEG6000, 3% tert-butanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 31414 / Num. obs: 31414 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.81 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 15.78
反射 シェル解像度: 3→3.5 Å / 冗長度: 7.11 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAXLABPROGRAMデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NAN

3nan


解像度: 3.2→28.715 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 1668 6.36 %
Rwork0.26 --
obs0.2617 26207 99.67 %
all-26208 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7671 0 76 1 7748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54310700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4462924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1251254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.2940.34511340.34811971X-RAY DIFFRACTION100
3.294-3.40020.3391360.31862007X-RAY DIFFRACTION100
3.4002-3.52150.31361350.32041976X-RAY DIFFRACTION99
3.5215-3.66230.36411360.31971988X-RAY DIFFRACTION100
3.6623-3.82860.32891350.30091987X-RAY DIFFRACTION100
3.8286-4.02990.31981370.29342033X-RAY DIFFRACTION100
4.0299-4.28160.3081380.2662016X-RAY DIFFRACTION100
4.2816-4.6110.25011390.24082037X-RAY DIFFRACTION100
4.611-5.07270.2411410.23542082X-RAY DIFFRACTION100
5.0727-5.80150.31471400.24382053X-RAY DIFFRACTION100
5.8015-7.28940.2891440.25122128X-RAY DIFFRACTION100
7.2894-28.7160.22021530.2052261X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2892-0.1218-0.040.24140.09740.28090.3444-0.6191-0.3487-0.0016-0.081-0.1429-0.48980.32240.14280.15310.17390.31370.3171-0.40350.7263-33.277929.4307-17.1736
20.0579-0.0641-0.10830.12980.02470.40510.31660.02660.0094-0.2005-0.31750.0850.39830.2479-00.75220.01590.13920.4126-0.0980.5458-23.4172-2.7959-25.5649
30.337-0.54350.09530.321-0.11870.4027-0.38090.04070.19240.2802-0.03970.00480.1122-0.1288-0.31440.9132-0.11140.21790.3301-0.17360.7047-44.3213-2.2628-0.356
40.03810.0793-0.00650.0726-0.04510.0113-0.4815-0.2909-0.2080.18030.418-0.3963-0.078-0.17-01.1852-0.0696-0.12880.828-0.10320.4002-22.381113.8328-72.187
5-0.05250.11370.0924-0.0827-0.01190.0790.08730.1841-0.057-0.1414-0.2030.3978-0.38760.057-0.00921.13050.03850.01780.74750.11680.4758-15.57673.5777-73.2038
60.0289-0.1978-0.28380.25370.23690.2917-0.44540.3174-0.1004-0.00190.10940.20440.76790.1875-0.13611.2376-0.00260.14990.7303-0.16030.4549-19.4767-10.8272-73.4697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:39 or chain A and resid 123:229A1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:39 or chain A and resid 123:229A123 - 229
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 346:356 or chain A and resid 603:741A346 - 356
4X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 346:356 or chain A and resid 603:741A603 - 741
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 361:601A361 - 601
6X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 50:107A50 - 107
7X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 274:329A274 - 329
8X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 745:994A745 - 994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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