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万見
- PDB-3nan: SR Ca(2+)-ATPase in the HnE2 state complexed with a Thapsigargin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nan
タイトルSR Ca(2+)-ATPase in the HnE2 state complexed with a Thapsigargin derivative Boc-(phi)Tg
要素SERCA1a
キーワードHYDROLASE / SERCA / P-Type ATPase / Ca2+-ATPase / Thapsigargin / Prostate Cancer / Calcium Transport / Endoplasmic Reticulum / Ion Transport / Sarcoplasmic Reticulum / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / sarcoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HZ1 / : / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Calcium-transporting ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Winther, A.M.L. / Sonntag, Y. / Olesen, C. / Moller, J.V. / Nissen, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Critical roles of hydrophobicity and orientation of side chains for inactivation of sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase with thapsigargin and thapsigargin analogs
著者: Winther, A.M.L. / Liu, H. / Sonntag, Y. / Olesen, C. / le Maire, M. / Soehoel, H. / Olsen, C.E. / Christensen, S.B. / Nissen, P. / Moller, J.V.
履歴
登録2010年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERCA1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3445
ポリマ－109,6031
非ポリマー1,7424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.330, 71.330, 589.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SERCA1a / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 isoform


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Fast Twitch Skeletal Muscle / 参照: UniProt: B6CAM1, Ca2+-transporting ATPase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HZ1 / (3S,3aR,4S,6S,6aR,7S,8S,9R,9aS,9bS)-6-(acetyloxy)-4-{[4-(3-{6-[(tert-butoxycarbonyl)amino]hexyl}-4-hydroxyphenyl)butanoyl]oxy}-3,3a-dihydroxy-3,6,9-trimethyl-8-{[(2Z)-2-methylbut-2-enoyl]oxy}-2-oxododecahydroazuleno[4,5-b]furan-7-yl octanoate


分子量: 944.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H77NO15
#5: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 14% w/v PEG 2000 MME, 10% v/v glycerol, 0.1-0.2M MgSO4, 4% v/v tert-butanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9802 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45 Å / Num. all: 29285 / Num. obs: 29261 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 70.395 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 14.35
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 25477 / Num. unique all: 2537 / Num. unique obs: 2537 / Rsym value: 1.174 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C8K

2c8k


解像度: 3.1→45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 849 2.9 %random
Rwork0.242 ---
all-29285 --
obs-29258 100 %-
溶媒の処理Bsol: 41.977 Å2
原子変位パラメータBiso max: 136.14 Å2 / Biso mean: 80.495 Å2 / Biso min: 43.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.64 Å20 Å20 Å2
2--9.64 Å20 Å2
3----19.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7671 0 91 0 7762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6022
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6292.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.17 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.388 55
Rwork0.377 -
obs-1687
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6hzl_pty.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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