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- PDB-4j19: Structure of a novel telomere repeat binding protein bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j19
タイトルStructure of a novel telomere repeat binding protein bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
  • Homeobox-containing protein 1
キーワードTranscription/DNA / telomere repeat binding / telomeric DNA / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / double-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of chromatin binding / Cajal body / telomeric DNA binding / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / PML body / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region ...: / double-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of chromatin binding / Cajal body / telomeric DNA binding / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / PML body / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / sequence-specific DNA binding / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Homeobox-containing protein 1 / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...Homeobox-containing protein 1 / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kappei, D. / Butter, F. / Benda, C. / Scheibe, M. / Draskovic, I. / Stevense, M. / Lopes Novo, C. / Basquin, C. / Krastev, D.B. / Kittler, R. ...Kappei, D. / Butter, F. / Benda, C. / Scheibe, M. / Draskovic, I. / Stevense, M. / Lopes Novo, C. / Basquin, C. / Krastev, D.B. / Kittler, R. / Jessberger, R. / Londono-Vallejo, A.J. / Mann, M. / Buchholz, F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: HOT1 is a mammalian direct telomere repeat-binding protein contributing to telomerase recruitment.
著者: Kappei, D. / Butter, F. / Benda, C. / Scheibe, M. / Draskovic, I. / Stevense, M. / Novo, C.L. / Basquin, C. / Araki, M. / Araki, K. / Krastev, D.B. / Kittler, R. / Jessberger, R. / Londono- ...著者: Kappei, D. / Butter, F. / Benda, C. / Scheibe, M. / Draskovic, I. / Stevense, M. / Novo, C.L. / Basquin, C. / Araki, M. / Araki, K. / Krastev, D.B. / Kittler, R. / Jessberger, R. / Londono-Vallejo, J.A. / Mann, M. / Buchholz, F.
履歴
登録2013年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox-containing protein 1
B: Homeobox-containing protein 1
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8665
ポリマ－37,8304
非ポリマー351
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.433, 116.490, 75.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Homeobox-containing protein 1


分子量: 13102.929 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 233-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NT76
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 5946.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5677.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 24% PEG 3350, 100 mM sodium acetate, 100 mM potassium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.155 Å / Num. obs: 11682 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1218)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CUF

2cuf


解像度: 2.9→46.155 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 556 4.96 %
Rwork0.1718 --
obs0.1741 11682 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 769 1 66 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9893014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.244840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.05280.37331290.31822686X-RAY DIFFRACTION94
3.0528-3.2440.33041400.26512758X-RAY DIFFRACTION96
3.244-3.49440.24071490.18972739X-RAY DIFFRACTION96
3.4944-3.84590.221410.17162759X-RAY DIFFRACTION96
3.8459-4.4020.23181440.15362712X-RAY DIFFRACTION95
4.402-5.54460.15821510.15842706X-RAY DIFFRACTION94
5.5446-46.1550.22551420.15342718X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.6493 Å / Origin y: 28.3987 Å / Origin z: 13.206 Å
111213212223313233
T0.5031 Å20.0331 Å20.03 Å2-0.5137 Å20.0107 Å2--0.4789 Å2
L3.4277 °21.9456 °2-0.6289 °2-1.6589 °2-0.8966 °2--2.4369 °2
S0.0381 Å °-0.0959 Å °-0.005 Å °0.1242 Å °-0.0743 Å °-0.1767 Å °-0.4141 Å °0.1924 Å °0.0149 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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