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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ixh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Cryptosporidium parvum | ||||||
要素 | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Kavitha, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Optimization of Benzoxazole-Based Inhibitors of Cryptosporidium parvum Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase. 著者: Gorla, S.K. / Kavitha, M. / Zhang, M. / Chin, J.E. / Liu, X. / Striepen, B. / Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Hedstrom, L. / Cuny, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ixh.cif.gz | 529.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ixh.ent.gz | 437.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ixh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ixh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ixh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ffsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38506.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: 56k.02, cgd6_20 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BM21 Magic / 参照: UniProt: Q8T6T2, IMP dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-IMP / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-Q21 / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 90-134 ARE DELETED AND REPLACED WITH SGG LINKER | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / pH: 7 詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15 %(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 83034 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 3FFS 解像度: 2.105→35.521 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.105→35.521 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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