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- PDB-4irl: X-ray structure of the CARD domain of zebrafish GBP-NLRP1 like protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irl
タイトルX-ray structure of the CARD domain of zebrafish GBP-NLRP1 like protein
要素Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
キーワードAPOPTOSIS / CARD / death fold superfamily / six-helix bundle / inflammasome / innate immune system / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / periplasmic space / inflammatory response / innate immune response / GTPase activity / DNA damage response / GTP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Guanylate-binding protein, C-terminal / Guanylate-binding protein/Atlastin, C-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal domain ...FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Guanylate-binding protein, C-terminal / Guanylate-binding protein/Atlastin, C-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Death-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / ACETATE ION / MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Guanylate-binding protein 3 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Jin, T. / Huang, M. / Smith, P. / Xiao, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of the caspase-recruitment domain from a zebrafish guanylate-binding protein.
著者: Jin, T. / Huang, M. / Smith, P. / Jiang, J. / Xiao, T.S.
履歴
登録2013年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Refinement description
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
B: Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
C: Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,94622
ポリマ－156,9543
非ポリマー2,99119
水34,6251922
1
A: Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2316
ポリマ－52,3181
非ポリマー9135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3789
ポリマ－52,3181
非ポリマー1,0608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3377
ポリマ－52,3181
非ポリマー1,0196
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.749, 124.750, 178.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Uncharacterized protein


分子量: 52318.109 Da / 分子数: 3 / 断片: Zebrafish GBP-NLRP1 CARD domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
株: K12
遺伝子: b4034, GBP-NLRP1, JW3994, malE, CH211-195H23.5-001, gbp3
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: B0V1H4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 1938分子

#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1922 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG1000, 0.2 M Sodium Malonate, 0.1 M MES 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.447→50 Å / Num. all: 260018 / Num. obs: 243247 / % possible obs: 93.55 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Net I/σ(I): 8.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1217)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→29.434 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 11928 5.02 %
Rwork0.1881 --
obs0.1899 237398 95.62 %
all-260018 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→29.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10716 0 199 1922 12837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29415391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1074153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.48670.31452860.27385285X-RAY DIFFRACTION68
1.4867-1.50420.30033140.26875621X-RAY DIFFRACTION73
1.5042-1.52250.30542750.26095968X-RAY DIFFRACTION76
1.5225-1.54180.28083140.26326312X-RAY DIFFRACTION81
1.5418-1.56210.30893500.25126691X-RAY DIFFRACTION86
1.5621-1.58350.29813660.23487097X-RAY DIFFRACTION91
1.5835-1.60610.25593990.23887476X-RAY DIFFRACTION96
1.6061-1.63010.27474050.22637654X-RAY DIFFRACTION99
1.6301-1.65560.26813690.21917820X-RAY DIFFRACTION100
1.6556-1.68270.25144070.2097845X-RAY DIFFRACTION100
1.6827-1.71170.26214240.20327769X-RAY DIFFRACTION100
1.7117-1.74280.24813970.20187820X-RAY DIFFRACTION100
1.7428-1.77640.23654310.20227841X-RAY DIFFRACTION100
1.7764-1.81260.2314210.2047781X-RAY DIFFRACTION100
1.8126-1.8520.23564210.27771X-RAY DIFFRACTION100
1.852-1.89510.25243940.19747878X-RAY DIFFRACTION100
1.8951-1.94250.24264230.20147822X-RAY DIFFRACTION100
1.9425-1.9950.23834320.20287831X-RAY DIFFRACTION100
1.995-2.05370.23164210.19517828X-RAY DIFFRACTION100
2.0537-2.11990.22594230.19697846X-RAY DIFFRACTION100
2.1199-2.19570.23824240.19027835X-RAY DIFFRACTION100
2.1957-2.28360.23494260.19097850X-RAY DIFFRACTION100
2.2836-2.38740.22064460.18647839X-RAY DIFFRACTION100
2.3874-2.51330.22274060.19047906X-RAY DIFFRACTION100
2.5133-2.67060.23994200.19157892X-RAY DIFFRACTION100
2.6706-2.87670.23284390.18417946X-RAY DIFFRACTION100
2.8767-3.16580.21124260.17957895X-RAY DIFFRACTION100
3.1658-3.62320.19923920.16278027X-RAY DIFFRACTION100
3.6232-4.56220.17034400.14458027X-RAY DIFFRACTION100
4.5622-29.43940.18064370.16738297X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3840.0586-0.09672.96590.60282.4584-0.06490.11560.0662-0.25590.0515-0.0238-0.105-0.11690.00560.15360.00490.00630.07360.02550.0856-26.823138.8060.7158
22.9993-1.33060.1322.31180.26722.1146-0.0374-0.0134-0.1457-0.0641-0.01490.21260.05-0.15940.0440.12210.01420.00760.0841-0.01980.0867-36.458431.946912.5383
30.85120.1076-0.38620.50760.16960.77060.0665-0.1610.06110.0558-0.0159-0.0294-0.02710.0868-0.05510.14440.0314-0.01050.12350.00190.0942-25.911447.410933.3556
40.73150.38510.35340.55540.5871.3367-0.0005-0.0531-0.01620.0036-0.0056-0.01990.03080.01140.00550.11980.0499-0.0110.08040.00660.0881-22.98339.559420.4635
51.68221.41230.38482.22840.7083.3609-0.0677-0.1173-0.14470.01870.0569-0.35850.13410.32420.01410.11470.05650.00730.1285-0.01340.1383-16.770530.623313.8302
62.4922-0.0312-0.28010.65630.83571.21510.066-0.0061-0.0617-0.0372-0.07490.0911-0.0884-0.01980.01030.1250.01750.01990.08610.03150.0514-32.999242.998728.1882
76.78756.31746.43476.16946.11676.15380.0841-0.20690.147-0.0093-0.22550.215-0.0621-0.32170.19270.12840.03770.01040.1401-0.01660.1206-49.049644.303429.2798
83.365-0.0349-0.84723.955-1.31353.712-0.03590.05860.2849-0.3839-0.0689-0.2761-0.35980.05360.08980.2640.012-0.01870.1125-0.02850.1379-58.778747.46229.2244
94.60080.3380.05310.69141.57584.497-0.0835-0.3841-0.13260.0137-0.0035-0.00470.1628-0.05670.07690.19440.0604-0.01490.09120.01040.1352-59.712542.152216.7342
102.1407-0.3316-0.62823.6621.35612.5877-0.08390.12410.1203-0.20190.0792-0.0234-0.1112-0.0507-0.0280.14960.0207-0.0130.07950.00140.0917-25.8641-2.54740.0628
110.37010.26140.16950.380.16140.7563-0.0185-0.0084-0.00250.0345-0.00770.03190.13460.03420.02070.17660.0839-0.01070.1102-0.02540.1184-29.7829-6.345816.6808
122.78891.8992-0.45034.2576-0.0371.93310.1674-0.1580.0520.0156-0.1373-0.2201-0.2132-0.0167-0.02840.11670.0570.01160.1042-0.02190.0953-20.57711.157534.7895
133.87031.5161-0.63680.7944-0.39731.26460.0375-0.1603-0.1423-0.0689-0.1309-0.0534-0.0267-0.11940.08020.14360.0888-0.02450.1141-0.01290.1076-31.32016.6933.1833
140.45710.33170.43040.28740.29960.87560.0187-0.0223-0.04610.0124-0.0144-0.04160.02660.007-0.00980.12780.0671-0.01550.1057-0.00680.0961-21.7075-1.189620.1984
150.64820.52850.5460.55390.14681.1496-0.1032-0.1065-0.08550.10610.1178-0.2530.20810.33480.02360.22410.1501-0.04780.2242-0.06580.186-15.4564-10.490113.6491
161.72150.79920.69820.39330.4210.73450.037-0.12410.05-0.0497-0.11260.1155-0.0367-0.09530.07010.1740.0807-0.02420.1616-0.02120.1061-37.0163.071428.1495
172.45751.0015-0.78655.0357-1.41254.1830.00710.02710.2966-0.07790.0267-0.1216-0.10190.0671-0.0390.1060.0337-0.01170.0722-0.02730.1445-57.67766.44967.9717
183.93150.3605-0.05130.98841.64193.2574-0.0927-0.4369-0.05470.14310.0623-0.02410.20250.07180.03140.15340.0508-0.02580.07870.00050.1394-58.56610.964216.2996
191.4912-0.6379-0.44543.11111.26771.4786-0.0720.03630.1356-0.3301-0.020.0902-0.3348-0.10570.05050.21790.0237-0.02050.0767-0.00730.108-25.4904-44.3820.6899
202.1289-0.90750.09892.32880.52631.2922-0.1003-0.2239-0.0105-0.0187-0.00020.1887-0.0808-0.26470.07590.13480.0396-0.0070.1525-0.03370.099-35.0468-50.80712.7455
210.22760.44890.12211.88891.50311.6092-0.0251-0.1748-0.0042-0.06990.0118-0.1253-0.1365-0.10670.0120.11350.0524-0.00040.1439-0.00030.093-15.2043-40.396829.4832
221.51690.39950.1862.13920.77651.24280.24340.03520.1019-0.172-0.2034-0.1252-0.2846-0.251-0.04120.16280.07960.00810.2336-0.03950.0802-20.7049-30.153834.7472
231.28490.05310.32680.62220.57991.28150.2331-0.0626-0.169-0.1497-0.3620.0989-0.0028-0.49550.12250.20650.1525-0.02480.2834-0.10570.1596-31.2465-34.399733.2056
240.18570.28040.40920.61490.81521.3218-0.0109-0.0705-0.0228-0.0252-0.0008-0.03540.0218-0.06020.02110.12670.05740.00140.1289-0.00890.0903-21.6633-42.776720.3457
251.55221.79081.3752.36031.8093.6244-0.014-0.1571-0.15770.0760.0876-0.23160.16220.2277-0.05270.11070.06060.01410.1407-0.01090.1275-15.491-51.984314.2763
260.29260.042-0.17850.48750.14240.1581-0.0774-0.25850.0597-0.026-0.11790.0936-0.1076-0.3293-0.01140.19960.1633-0.050.4221-0.16060.1551-37.0203-38.588628.2223
271.00180.1543-0.07474.0153-1.30854.92390.0101-0.15040.3721-0.1879-0.0279-0.3441-0.24320.12480.01210.1040.02880.03060.1177-0.06590.255-57.4444-35.01768.3844
284.25910.3329-0.26920.79971.51093.116-0.1245-0.66630.06270.18660.1004-0.12210.28850.19050.0140.16490.0724-0.03440.1889-0.05170.1646-58.797-40.477316.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 219 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 220 through 283 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 284 through 315 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 316 through 357 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 358 through 381 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 382 through 419 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 420 through 462 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 43 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 44 through 129 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 130 through 164 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 165 through 219 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 220 through 283 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 284 through 315 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 316 through 381 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 382 through 419 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 420 through 463 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 43 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 44 through 106 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 107 through 129 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 130 through 164 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 165 through 219 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 220 through 283 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 284 through 315 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 316 through 381 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 382 through 419 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 420 through 462 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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