PDB-4io1: Crystal structure of ribose-5-isomerase A from Francisella Tularensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4io1

タイトル

Crystal structure of ribose-5-isomerase A from Francisella Tularensis

要素

Ribose-5-phosphate isomerase A

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Rostankowski, R. / Nakka, C. / Grimshaw, S. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and biophysical studies of Ribose-5-Phosphate Isomerase A from Francisella Tularensis
著者: Rostankowski, R. / Orlikowska, M. / Nakka, C. / Grimshaw, S. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4io1.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4io1.ent.gz	154.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4io1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kwmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ks2-d 3upo-1 5vo3-d 3kwm-2 5tv3-2 3upn-2 3mtj-d 4x84-1 1f4k-d 4eki-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribose-5-phosphate isomerase A

B: Ribose-5-phosphate isomerase A

ヘテロ分子

49.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.281, 85.765, 70.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI 分子量: 24494.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: FTT_1208, FTW_1255, rpiA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5NFM5, ribose-5-phosphate isomerase

#1: タンパク質

Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI

分子量: 24494.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: FTT_1208, FTW_1255, rpiA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5NFM5, ribose-5-phosphate isomerase

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非ポリマー , 5種, 275分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Bromide, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 51768 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.067
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3KWM

3kwm

解像度: 1.65→36.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18207	2602	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14781	-	-	-
obs	0.14962	48581	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3299	0	36	263	3598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.991	4736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.662	3	7690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.072	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.513	26.277	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.647	15	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.143	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.528	1.5	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.992	1.5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.882	2	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.96	3	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.149	4.5	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	166	-
R_work	0.231	3396	-
obs	-	-	94.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.5516	-5.4483	-1.3363	3.5924	3.6611	14.627	0.0118	0.4358	0.5318	-0.1414	-0.1978	0.0257	-0.7446	-0.7196	0.186	0.1403	0.0774	-0.0098	0.2001	0.2351	0.4045	-2.492	11.905	12.21
2	1.891	-0.2299	0.5223	8.6199	0.8566	1.2524	-0.115	0.4122	0.0764	-0.4559	0.2491	0.1803	-0.0402	-0.0573	-0.1341	0.1112	-0.0202	-0.0025	0.1978	0.0507	0.0478	1.618	-1.244	10.196
3	1.4407	-1.9123	0.3607	3.3246	-0.0372	0.8105	0.051	0.0993	-0.0083	-0.0335	0.0026	0.0802	0.1537	-0.1387	-0.0536	0.084	-0.0429	0.0014	0.1731	0.0335	0.0662	1.537	-8.991	19.366
4	2.1771	0.7546	0.7951	3.3939	2.045	1.3022	-0.0515	0.3372	0.1844	0.0134	-0.0638	0.1512	0.011	-0.0076	0.1153	0.0671	-0.0032	-0.0069	0.1551	0.0219	0.0183	-4.499	-4.681	15.248
5	0.9044	-1.0881	0.6552	1.7934	1.3079	9.8813	0.1391	0.0189	-0.1279	-0.1464	-0.0891	0.1484	0.2837	-0.3979	-0.0499	0.0652	-0.0415	-0.0065	0.0575	-0.0239	0.0335	-1.604	-15.491	18.39
6	3.0634	-0.4711	0.1719	0.7756	-0.5412	2.0835	-0.0667	0.045	-0.061	0.0655	0.0519	0.038	0.0082	-0.1781	0.0148	0.0209	0.0042	0.0179	0.0863	-0.0059	0.0172	-6.821	-5.544	25.738
7	3.1158	-2.9033	2.695	2.9062	-3.0118	6.9565	0.2455	-0.2794	-0.1956	-0.1684	0.2201	0.1447	0.5241	-0.4936	-0.4656	0.1196	-0.0933	-0.0552	0.0938	0.0414	0.1022	-0.258	-15.89	29.433
8	0.758	0.8322	0.271	3.7846	0.6837	1.4926	0.0238	0.1415	-0.0561	0.0455	-0.0541	-0.0813	0.122	-0.1825	0.0303	0.052	0.0015	0.0244	0.0868	-0.0186	0.0286	6.769	-8.213	21.449
9	10.7014	-7.844	-2.8917	6.5923	0.2208	5.4939	0.1402	0.2871	0.5291	-0.0578	-0.1744	-0.4784	-0.324	0.0175	0.0342	0.1115	-0.0474	0.0389	0.0974	0.0189	0.06	17.827	6.563	18.764
10	0.8225	0.4403	0.0767	1.1182	-0.0717	1.2389	0.0441	0.0404	-0.0173	0.0281	-0.0138	-0.0313	-0.0403	-0.1041	-0.0303	0.0325	0.0146	0.0192	0.0485	0.0028	0.0156	9.969	-1.772	27.592
11	0.7501	-0.5841	0.0414	10.2913	-0.6156	1.8462	0.0069	0.1828	-0.0572	-0.1636	-0.1503	-0.0625	0.043	-0.0806	0.1434	0.0351	0.0095	0.0276	0.0733	-0.0223	0.0374	10.732	-7.699	17.546
12	6.0299	1.8154	2.4985	1.9015	1.2858	1.6068	-0.1848	0.2801	0.3051	-0.2039	0.1282	0.0231	-0.2423	0.0469	0.0566	0.0959	0.017	0.0221	0.045	0.0263	0.0279	11.805	9.057	17.396
13	0.221	-0.2211	-0.2467	1.6177	-0.8099	1.2414	-0.0274	-0.0165	0.0029	0.157	-0.0115	-0.0394	-0.1704	-0.0578	0.0389	0.0927	0.0413	0.003	0.0631	-0.0149	0.0212	12.183	7.344	41.28
14	10.3107	3.3843	2.3052	4.9657	-1.1093	2.1972	-0.1247	0.1383	0.3308	0.4129	-0.0967	-0.0086	-0.4987	0.0675	0.2214	0.1619	-0.0071	-0.0346	0.0313	-0.0066	0.037	12.989	12.844	40.19
15	2.5316	2.5585	0.0058	3.5488	-0.7487	1.0162	0.0034	-0.1021	0.0829	0.1284	-0.0366	0.046	-0.1823	-0.1998	0.0332	0.0791	0.0384	0.0267	0.0654	-0.0118	0.0309	6.652	7.369	37.827
16	5.0933	-2.8865	-1.2693	9.409	6.085	4.0242	0.1443	0.1617	0.3942	-0.5541	0.1089	-0.4694	-0.3614	0.0987	-0.2532	0.0614	-0.001	0.0437	0.0434	0.0178	0.0647	23.793	7.083	28.926
17	2.2804	-2.1717	1.3624	3.3728	-1.8702	3.2979	-0.0689	-0.0346	0.1125	0.1066	0.0092	-0.1313	-0.0899	0.0519	0.0598	0.031	0.0049	0.0158	0.0207	-0.002	0.0214	21.434	1.228	36.344
18	0.6964	0.0791	0.0282	0.4507	0.7793	1.4342	0.0234	0.0359	-0.0641	-0.0069	0.029	-0.0658	0.0139	0.0108	-0.0525	0.049	0.0244	0.0334	0.0591	-0.0121	0.0545	15.694	-0.817	29.602
19	5.4587	-4.1591	1.2006	13.0069	-3.5449	3.1703	-0.0121	0.2903	0.2218	-0.406	0.1859	0.4537	-0.1105	0.1112	-0.1738	0.0673	-0.008	-0.0133	0.0813	0.0424	0.0523	7.149	8.167	8.417
20	1.4816	-1.0441	2.5274	12.8162	-3.3442	4.5185	-0.1545	0.3177	0.2371	-0.4262	-0.2711	-0.3861	-0.2064	0.5246	0.4256	0.1158	0.0317	0.0142	0.1822	0.0738	0.0529	10.021	4.175	7.107
21	0.5009	1.1732	0.6066	2.7903	1.6347	1.821	0.1791	0.0525	0.1986	0.4882	0.1239	0.3646	0.5042	0.0273	-0.303	0.2647	0.0179	-0.0186	0.2765	0.1433	0.4043	21.944	-12.34	73.963
22	2.0504	-4.7332	0.9778	12.7319	-0.9834	1.4501	-0.3631	-0.3105	0.2093	0.483	0.457	-0.6721	-0.3861	-0.2196	-0.0939	0.1593	0.0978	-0.0293	0.2182	-0.0559	0.0804	24.144	0.085	71.497
23	2.8647	-1.1449	0.9886	10.2617	3.7924	2.8331	0.1201	-0.5486	0.2469	0.4595	-0.371	0.2624	0.001	-0.526	0.251	0.1901	0.0019	0.028	0.2021	-0.0713	0.0556	17.399	5.574	65.247
24	10.5596	-2.8037	-5.7214	2.5456	2.7671	5.0413	-0.4833	-1.0282	-1.4327	0.1654	0.0951	0.001	0.2713	-0.0584	0.3882	0.1254	0.0643	0.0631	0.4303	0.2077	0.2968	14.831	-6.14	69.674
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28	10.8839	-0.4351	6.3956	1.9136	-0.2061	4.0669	-0.5121	0.0626	0.4637	0.1779	0.138	-0.0689	-0.2577	0.0387	0.3741	0.1192	0.0298	0.0075	0.057	-0.0213	0.0767	11.25	8.813	55.124
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39	1.5603	0.6506	0.4829	0.4954	-0.3404	1.8015	0.0636	0.0206	0.047	-0.0175	-0.0407	0.0221	0.0878	0.0932	-0.0229	0.0367	0.009	0.0201	0.0442	-0.0029	0.0153	20.394	-7.827	41.739
40	0.6626	-2.08	1.7355	7.129	-6.3622	10.288	-0.055	-0.0628	0.1245	0.1494	0.1221	-0.3908	0.2525	0.182	-0.0671	0.0388	0.0145	-0.0452	0.0928	-0.0223	0.0607	29.949	-9.703	64.97

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	57 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	72 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	79 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	91 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	96 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	117 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	122 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	133 - 152
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	153 - 164
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	165 - 180
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	181 - 188
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	189 - 194
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	195 - 212
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	213 - 218
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	219 - 224
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	10 - 17
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	18 - 25
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	26 - 33
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	34 - 46
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	47 - 52
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	53 - 70
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	71 - 75
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	76 - 81
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	82 - 94
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	95 - 116
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	117 - 125
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	126 - 134
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	135 - 152
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	153 - 163
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	164 - 170
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	171 - 177
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	178 - 182
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	183 - 188
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	189 - 206
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	207 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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