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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ilc | ||||||
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タイトル | The GLIC pentameric ligand-gated ion channel in complex with sulfates | ||||||
![]() | Proton-gated ion channel | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / pentameric ligand-gated ion channel / ion channel / membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sauguet, L. / Malherbe, L. / Corringer, P.J. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for ion permeation mechanism in pentameric ligand-gated ion channels. 著者: Sauguet, L. / Poitevin, F. / Murail, S. / Van Renterghem, C. / Moraga-Cid, G. / Malherbe, L. / Thompson, A.W. / Koehl, P. / Corringer, P.J. / Baaden, M. / Delarue, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 272 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 36430.867 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 44-358 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: ![]() ![]() #6: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 7種, 86分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-PLC / #4: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 #5: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-NA / #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.3 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 12-15% PEG 4K, 0.1M Na Acetate pH4, 0.2M NH4SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→49.5 Å / Num. all: 75020 / Num. obs: 74893 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 83.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10804 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4HFI 解像度: 2.99→34.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8503 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7841 / SU R Cruickshank DPI: 0.501 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 68.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.401 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→34.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
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