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- PDB-4ifd: Crystal structure of an 11-subunit eukaryotic exosome complex bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ifd
タイトルCrystal structure of an 11-subunit eukaryotic exosome complex bound to RNA
要素
  • (Exosome complex component ...) x 9
  • (Exosome complex exonuclease ...) x 2
  • RNA (45-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA / EXOSOME / RNA / RRP44 / DIS3 / PIN / RRP6 / EXONUCLEASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / NUCLEASE / RIBONUCLEASE / RNA PROCESSING / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing ...nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / rRNA catabolic process / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / rRNA primary transcript binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / regulation of telomere maintenance / nonfunctional rRNA decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / rRNA metabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / mRNA processing / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2660 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #880 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2660 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #880 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / Helicase and RNase D C-terminal / K Homology domain, type 1 / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / Large family of predicted nucleotide-binding domains / 3'-5' exonuclease / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 ...BROMIDE ION / RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP6 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.805 Å
データ登録者Makino, D.L. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of an RNA-bound 11-subunit eukaryotic exosome complex.
著者: Makino, D.L. / Baumgartner, M. / Conti, E.
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component RRP45
B: Exosome complex component SKI6
C: Exosome complex component RRP43
D: Exosome complex component RRP46
E: Exosome complex component RRP42
F: Exosome complex component MTR3
G: Exosome complex component RRP40
H: Exosome complex component RRP4
I: Exosome complex component CSL4
J: Exosome complex exonuclease DIS3
K: Exosome complex exonuclease RRP6
R: RNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,16230
ポリマ－436,61812
非ポリマー1,54418
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54990 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area138770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.090, 107.440, 150.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / Ribosomal RNA-processing protein 45


分子量: 33870.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: D9954.1, RRP45, YDR280W / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05636
#2: タンパク質 Exosome complex component SKI6 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6


分子量: 27794.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ECM20, G7587, RRP41, SKI6, YGR195W / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46948
#3: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43


分子量: 43977.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP43, YCR035C, YCR35C, YCR522 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25359
#4: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46


分子量: 26913.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP46, YGR095C / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53256
#5: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42


分子量: 29294.398 Da / 分子数: 1 / Mutation: V138I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP42, YDL111C / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12277
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 27559.869 Da / 分子数: 1 / Mutation: T75S, M161T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: G6676, MTR3, YGR158C / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48240
#7: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 26778.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP40, YOL142W / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08285
#8: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 39714.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP4, YHR069C / プラスミド: pECK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38792
#9: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / CEP1 synthetic lethal protein 4


分子量: 32805.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSL4, N1154, SKI4, YNL232W / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53859

-
Exosome complex exonuclease ... , 2種, 2分子 JK

#10: タンパク質 Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 113983.898 Da / 分子数: 1 / Mutation: D171N, D551N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DIS3, O2197, RRP44, YOL021C / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#11: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 19876.869 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 518-693 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / プラスミド: pECK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#12: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 14046.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence designed based on biochemical data.

-
非ポリマー , 6種, 262分子

#13: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#14: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#15: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02M Tris pH7.5, 0.05M NaCl, 0.001M MnCl2, 0.002M MgCl2, 1mM TCEP, 0.15M MES pH6.5, 0.27M NaBr, 11.4-12.2% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9199 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.805→49.64 Å / Num. all: 99137 / Num. obs: 99137 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.8-32.50.5481.8911922156.5
3-3.24.490.4893.5511179169.2
3.2-3.512.990.4716.3517744199.5
3.5-3.816.20.31810.3312650199.9
3.8-4.216.680.2214.1211763199.9
4.2-516.640.1519.0713703199.9
5-616.610.14219.878451199.9
6-816.220.11922.316727199.7
8-2015.830.07432.434677199.7
20-49.6415.760.06935.76321191.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NN6, 2WP8, 2JA9, 2JE6

2nn6

2wp8

2ja9

2je6


解像度: 2.805→49.638 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 4956 5 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
all0.1846 99137 --
obs0.1846 99101 87.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.805→49.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25991 540 54 244 26829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54236836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.90310175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0354351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044662
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8046-2.83650.3492700.30461336133638
2.8365-2.86980.35811060.29322015201557
2.8698-2.90480.30461220.29382312231264
2.9048-2.94160.34561170.29242233223364
2.9416-2.98030.36341220.28692316231664
2.9803-3.02110.32291170.27872217221763
3.0211-3.06430.33621200.26362287228764
3.0643-3.110.31321190.26022256225664
3.11-3.15860.29241330.25392516251671
3.1586-3.21040.31021630.25243109310987
3.2104-3.26570.2931850.24013510351099
3.2657-3.32510.3091860.23335323532100
3.3251-3.3890.25261860.21935413541100
3.389-3.45820.26141890.214235893589100
3.4582-3.53340.26451870.195935443544100
3.5334-3.61550.22491880.194835743574100
3.6155-3.70590.22921880.185335673567100
3.7059-3.80610.24751860.17635393539100
3.8061-3.9180.20311890.1735853585100
3.918-4.04450.19051870.169835573557100
4.0445-4.18890.21611890.159335893589100
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4.3566-4.55470.17861880.143235683568100
4.5547-4.79470.17221880.136535763576100
4.7947-5.09480.1761910.143336123612100
5.0948-5.48770.21461870.157735613561100
5.4877-6.03910.23581900.171236003600100
6.0391-6.91090.22341900.181436103610100
6.9109-8.69940.17791900.158436233623100
8.6994-49.64580.1751960.15937013701100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92940.29130.25291.5279-0.15251.78010.0722-0.1833-0.27610.3481-0.0223-0.2480.22870.11530.04770.56730.09-0.14960.20030.05970.3884141.5112-4.2726205.1851
20.441-0.21490.02320.3590.33370.4692-0.0776-0.17370.10240.35130.0822-0.0766-0.06510.1633-00.626-0.0229-0.10340.287-0.01650.3947139.904142.3845202.7967
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50.28010.1174-0.18170.1185-0.00150.1535-0.3637-0.26510.25630.08290.16780.3363-0.2102-0.35530.00010.80650.25030.19671.019-0.12710.860277.28235.5149208.1468
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100.0095-0.0127-0.01070.00280.00930.00120.11890.18140.02530.2413-0.1109-0.1615-0.08320.178701.8674-0.0001-0.08781.7902-0.13951.9529135.570624.7207143.4691
110.87980.4595-0.08840.60980.13621.0774-0.01740.29730.2703-0.03270.0606-0.0086-0.1460.1904-0.00010.5625-0.13990.02660.79060.19160.5333148.557855.0109139.8855
120.57050.2597-0.16360.87190.02540.3109-0.0892-0.37450.03880.5398-0.0187-0.0772-0.1074-0.2593-00.9328-0.0185-0.01520.6011-0.00610.5565106.7717.444211.4245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN GG1 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN H AND (RESID 50:357)H0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN J AND (RESID 249:399)J0
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN J AND (RESID 491:910 )) OR (CHAIN R AND (RESSEQ -6:-1))J0
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN I AND (RESSEQ 1:113)) OR (CHAIN K AND (RESID 532:557 ))I0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN R AND (RESSEQ -44:-30 )R-44 - -30
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)A2 - 301
8X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)B1 - 242
9X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)C7 - 394
10X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)D1 - 223
11X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)E-1 - 265
12X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)F4 - 248
13X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)H2 - 17
14X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A OR CHAIN B OR CHAIN C OR CHAIN D OR CHAIN E OR CHAIN F OR (CHAIN H AND RESSEQ 2:17) OR (CHAIN K AND RESSEQ 565:619)K565 - 619
15X-RAY DIFFRACTION8CHAIN J AND (RESID 400:490)J0
16X-RAY DIFFRACTION9CHAIN J AND RESID 911:1001J911 - 1001
17X-RAY DIFFRACTION10CHAIN R AND (RESSEQ -15:-7)R-15 - -7
18X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN J AND RESID 9:237 )J9 - 237
19X-RAY DIFFRACTION12CHAIN I AND RESID 126:291I126 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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