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万見
- PDB-4idv: Crystal Structure of NIK with compound 4-{3-[2-amino-5-(2-methoxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idv
タイトルCrystal Structure of NIK with compound 4-{3-[2-amino-5-(2-methoxyethoxy)pyrimidin-4-yl]-1H-indol-5-yl}-2-methylbut-3-yn-2-ol (13V)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / NIK / Nuclear factor (NF)-kB / p100 processing / 2-aminopyrimidine / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / MAPK cascade / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-13V / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, J. / Sudom, A. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Inhibiting NF-KB-inducing kinase (NIK): Discovery, structure-based design, synthesis, structure activity relationship, and co-crystal structures
著者: Li, K. / McGee, L.R. / Fisher, B. / Sudom, A. / Liu, J. / Rubenstein, S.M. / Anwer, M.K. / Cushing, T.D. / Shin, Y. / Ayres, M. / Lee, F. / Eksterowicz, J. / Faulder, P. / Waszkowycz, B. / ...著者: Li, K. / McGee, L.R. / Fisher, B. / Sudom, A. / Liu, J. / Rubenstein, S.M. / Anwer, M.K. / Cushing, T.D. / Shin, Y. / Ayres, M. / Lee, F. / Eksterowicz, J. / Faulder, P. / Waszkowycz, B. / Plotnikova, O. / Farrelly, E. / Xiao, S.H. / Chen, G. / Wang, Z.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,0488
ポリマ－156,5834
非ポリマー1,4664
水82946
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5122
ポリマ－39,1461
非ポリマー3661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5122
ポリマ－39,1461
非ポリマー3661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5122
ポリマ－39,1461
非ポリマー3661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5122
ポリマ－39,1461
非ポリマー3661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.378, 146.014, 254.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 39145.703 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-680 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NIK
参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-13V / 4-{3-[2-amino-5-(2-methoxyethoxy)pyrimidin-4-yl]-1H-indol-5-yl}-2-methylbut-3-yn-2-ol


分子量: 366.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→127.35 Å / Num. obs: 31375 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.9-3.063.60.66611296235530.66663.8
3.06-3.243.60.4571.41261635180.45767
3.24-3.473.40.2952.21260037050.29575.6
3.47-3.743.20.19831203738040.19882.8
3.74-4.130.1325.61155438090.13289.4
4.1-4.593.30.0997.11177836210.09993.5
4.59-5.293.60.0987.41188233410.09897.2
5.29-6.484.20.1126.61183127880.11294.1
6.48-9.175.40.079.61114120680.0789.6
9.17-42.7185.80.0512.2676311680.0587

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.5データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
REFMAC5.7.0029精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→32.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 16.542 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.508 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2694 1572 5 %RANDOM
Rwork0.2033 ---
obs0.2066 31326 80.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.49 Å2 / Biso mean: 40.3343 Å2 / Biso min: 3.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10380 0 108 46 10534
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 85 -
Rwork0.37 1777 -
all-1862 -
obs--65.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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