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- PDB-4ic5: Crystal structure of Deg5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ic5
タイトルCrystal structure of Deg5
要素Protease Do-like 5, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / Bets-barrel / endopeptidase / Calcium Binding / chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II repair / thylakoid lumen / thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / chloroplast / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease Do-like 5, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.607 Å
データ登録者Gong, W. / Sun, W. / Fan, H. / Gao, F. / Liu, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structures of Arabidopsis Deg5 and Deg8 reveal new insights into HtrA proteases
著者: Sun, W. / Gao, F. / Fan, H. / Shan, X. / Sun, R. / Liu, L. / Gong, W.
履歴
登録2012年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease Do-like 5, chloroplastic
B: Protease Do-like 5, chloroplastic
C: Protease Do-like 5, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6688
ポリマ－94,4673
非ポリマー2005
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protease Do-like 5, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6094
ポリマ－31,4891
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Protease Do-like 5, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5292
ポリマ－31,4891
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Protease Do-like 5, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5292
ポリマ－31,4891
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.090, 125.952, 83.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protease Do-like 5, chloroplastic


分子量: 31489.041 Da / 分子数: 3 / 変異: S217A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DEGP5, HHOA, At4g18370, F28J12.30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SEL7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Tris-HCl, 25%(v/v) PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 33072 / Num. obs: 33338 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.6→2.6 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L1J

1l1j


解像度: 2.607→49.883 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1670 5.05 %
Rwork0.1819 --
obs0.1844 33041 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.238 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9613 Å20 Å211.1309 Å2
2---12.3756 Å20 Å2
3---5.4143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.607→49.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4740 0 5 131 4876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0266665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6451774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.607-2.68320.33271210.2655240591
2.6832-2.76980.31421460.2478261399
2.7698-2.86880.28581350.22492659100
2.8688-2.98360.27991430.21172609100
2.9836-3.11940.25471450.17812643100
3.1194-3.28380.24591450.18032617100
3.2838-3.48950.27211170.18112669100
3.4895-3.75890.21491380.17432639100
3.7589-4.1370.18281330.1426262299
4.137-4.73520.17021420.1301266799
4.7352-5.96430.23261500.1914262699
5.9643-49.89250.22181550.2016260297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.221 Å / Origin y: 20.9944 Å / Origin z: -15.4047 Å
111213212223313233
T0.0341 Å20.0011 Å2-0.0249 Å2-0.0545 Å20.0019 Å2--0.0261 Å2
L0.2859 °20.0074 °2-0.1622 °2-0.2946 °2-0.0309 °2--0.3045 °2
S0.0077 Å °0.0726 Å °0.0155 Å °-0.087 Å °-0.0064 Å °0.0975 Å °0.0096 Å °-0.0728 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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