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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i8t | ||||||
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タイトル | C.Esp1396I bound to a 19 base pair DNA duplex | ||||||
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![]() | Transcription/DNA / Restriction-modification / helix-turn-helix / transcriptional regulator / DNA / Transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martin, R.N.A. / McGeehan, J.E. / Kneale, G.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of DNA-protein complexes regulating the restriction-modification system Esp1396I. 著者: Martin, R.N. / McGeehan, J.E. / Ball, N.J. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Kneale, G.G. #1: ![]() タイトル: Structure of the restriction-modification controller protein C.Esp1396I. 著者: Ball, N. / Streeter, S.D. / Kneale, G.G. / McGeehan, J.E. #2: ![]() タイトル: Recognition of dual symmetry by the controller protein C.Esp1396I based on the structure of the transcriptional activation complex. 著者: McGeehan, J.E. / Ball, N.J. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Kneale, G.G. #3: ![]() タイトル: The structural basis of differential DNA sequence recognition by restriction-modification controller proteins. 著者: Ball, N.J. / McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Kneale, G.G. #4: ![]() タイトル: Structure of the restriction-modification controller protein C.Esp1396I. 著者: Ball, N. / Streeter, S.D. / Kneale, G.G. / McGeehan, J.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9521.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 5787.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised DNA Oligonucleotide #3: DNA鎖 | | 分子量: 5858.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised DNA Oligonucleotide |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M PCTP buffer, 25 % w/v PEG 1500, 10 mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979493 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→73.702 Å / Num. all: 22560 / Num. obs: 6809 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.013 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3G5G 解像度: 3→44.434 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 104.5102 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→44.434 Å
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拘束条件 |
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