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万見
- PDB-4i79: Crystal structure of human NUP43 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i79
タイトルCrystal structure of human NUP43
要素
  • Nucleoporin Nup43
  • floating chain, unknown sequence
キーワードCELL CYCLE / Structural Genomics Consortium / SGC / WD40 repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore outer ring / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript ...nuclear pore outer ring / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / chromosome segregation / ISG15 antiviral mechanism / Transcriptional regulation by small RNAs / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / HCMV Early Events / nuclear envelope / protein transport / snRNP Assembly / nuclear speck / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Xu, C. / Tempel, W. / Li, Z. / He, H. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human nuclear pore complex component NUP43.
著者: Xu, C. / Li, Z. / He, H. / Seitova, A. / Wernimont, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Min, J.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Other
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32015年12月30日Group: Database references
改定 1.42017年5月10日Group: Other / Structure summary
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin Nup43
B: Nucleoporin Nup43
C: floating chain, unknown sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,24235
ポリマ－89,2423
非ポリマー032
水5,008278
1
A: Nucleoporin Nup43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,22914
ポリマ－44,2291
非ポリマー013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoporin Nup43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,22920
ポリマ－44,2291
非ポリマー019
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: floating chain, unknown sequence


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 784 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7841
ポリマ－7841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.736, 161.964, 58.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細biological unit has not been determined.

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin Nup43 / Nup107-160 subcomplex subunit Nup43 / p42


分子量: 44228.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP43 / プラスミド: pFBOH-LIC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NFH3
#2: タンパク質・ペプチド floating chain, unknown sequence


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFBOH-LIC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 32 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→80.982 Å / Num. all: 77846 / Num. obs: 77846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.75-1.847.40.940.883285112240.94100
1.84-1.967.40.5311.478984106160.531100
1.96-2.097.50.2992.674622100130.299100
2.09-2.267.40.2083.76932993370.208100
2.26-2.477.50.1445.36425186080.144100
2.47-2.777.40.0957.95835678490.095100
2.77-3.27.40.0611.95105369280.06100
3.2-3.917.20.03915.44267959150.039100
3.91-5.537.10.03215.93317946510.032100
5.53-47.216.70.03312.51820427050.03399.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3cfs, 4aow, 2xzm.

3cfs

4aow

2xzm
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.75→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.1992 / WRfactor Rwork: 0.1694 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8631 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1022 / SU Rfree: 0.1011 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: COMMENT BY AUTHOR: AMBIGUOUS ELECTRON DENSITY AROUND RESIDUES 329 THROUGH 331 OF CHAINS A AND B.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2125 2490 3.2 %thin shells (sftools)
Rwork0.1811 ---
obs0.1821 77783 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.15 Å2 / Biso mean: 29.118 Å2 / Biso min: 13.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0 Å20 Å2
2---1.65 Å2-0 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4911 0 32 278 5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9217316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79311073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2625705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47124.351239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36215802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5871524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5421.4972656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5421.4962655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4682.2313325
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 295 -
Rwork0.269 5361 -
all-5656 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7620.04930.32393.761-0.42240.9047-0.00660.0430.0063-0.06380.02240.0324-0.02080.0008-0.01580.03020.0042-0.00220.0865-0.00180.049519.0376-23.7957-16.613
20.99690.401-0.46183.10340.35781.2953-0.03460.0585-0.0422-0.07120.0336-0.0060.0777-0.01770.0010.01460.0078-0.01260.0617-0.00090.031820.412412.131312.685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 380
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 413
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 630
4X-RAY DIFFRACTION2B4 - 380
5X-RAY DIFFRACTION2B401 - 428
6X-RAY DIFFRACTION2B501 - 648

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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