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- PDB-4i5b: Structure of human MHC class II protein HLA-DR1 carrying an influ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5b
タイトルStructure of human MHC class II protein HLA-DR1 carrying an influenza hemagglutinin peptide partially filling the binding groove
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
  • truncated hemagglutinin peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / Antigen presentation / peptide-MHC complex / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / epidermis development / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Schulze, M.-S.E.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Disruption of hydrogen bonds between major histocompatibility complex class II and the peptide N-terminus is not sufficient to form a human leukocyte antigen-DM receptive state of major ...タイトル: Disruption of hydrogen bonds between major histocompatibility complex class II and the peptide N-terminus is not sufficient to form a human leukocyte antigen-DM receptive state of major histocompatibility complex class II.
著者: Schulze, M.S. / Anders, A.K. / Sethi, D.K. / Call, M.J.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: truncated hemagglutinin peptide
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
F: truncated hemagglutinin peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7926
ポリマ－90,7926
非ポリマー00
水3,423190
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: truncated hemagglutinin peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3963
ポリマ－45,3963
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
F: truncated hemagglutinin peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3963
ポリマ－45,3963
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.811, 111.381, 211.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-207-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21667.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR-1 / DR1


分子量: 22380.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド truncated hemagglutinin peptide


分子量: 1347.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 100 mM sodium acetate, 9% PEG 10000, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. all: 64241 / Num. obs: 58717 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.12-2.15170
2.15-2.19179
2.19-2.23182
2.23-2.27187
2.27-2.32188
2.32-2.37190
2.37-2.42191
2.42-2.48193
2.48-2.55193
2.55-2.63194
2.63-2.71194
2.71-2.81194
2.81-2.92195
2.92-3.06195
3.06-3.22195
3.22-3.42195
3.42-3.68195
3.68-4.05196
4.05-4.64196
4.64-5.85198
5.85-49.29198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→49.278 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 2967 5.05 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2009 58717 91.4 %-
all-64241 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→49.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6328 0 0 190 6518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1448837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1192392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.15670.3091900.23632050X-RAY DIFFRACTION70
2.1567-2.19380.26741210.22052256X-RAY DIFFRACTION79
2.1938-2.23370.26161480.20872374X-RAY DIFFRACTION82
2.2337-2.27670.27731440.20592458X-RAY DIFFRACTION87
2.2767-2.32320.2661380.20272513X-RAY DIFFRACTION88
2.3232-2.37370.26521400.20632607X-RAY DIFFRACTION90
2.3737-2.42890.24911560.20332591X-RAY DIFFRACTION91
2.4289-2.48960.27231360.2112670X-RAY DIFFRACTION93
2.4896-2.5570.2451310.20632708X-RAY DIFFRACTION93
2.557-2.63220.25831460.21462705X-RAY DIFFRACTION94
2.6322-2.71710.25671510.21142711X-RAY DIFFRACTION94
2.7171-2.81420.2351250.20412730X-RAY DIFFRACTION94
2.8142-2.92690.29141380.21342752X-RAY DIFFRACTION95
2.9269-3.06010.27141430.22552760X-RAY DIFFRACTION95
3.0601-3.22140.26761430.22282741X-RAY DIFFRACTION95
3.2214-3.42320.2381570.20892750X-RAY DIFFRACTION95
3.4232-3.68740.23851530.19672792X-RAY DIFFRACTION95
3.6874-4.05830.22591500.19392799X-RAY DIFFRACTION96
4.0583-4.64520.18471460.16392839X-RAY DIFFRACTION96
4.6452-5.8510.18181340.16832934X-RAY DIFFRACTION98
5.851-49.29080.19941770.19053010X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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