PDB-4i1m: Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i1m

タイトル

Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB

要素

LepB

キーワード

HYDROLASE / RabGAP / hydrolase activator / Rab1b / lpg2490 / GTPase-activating proteins / hydrolysis / Rab1 hydrolase / GTP hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule organizing center / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å

データ登録者

Streller, A. / Gazdag, E.M. / Vetter, I.R. / Goody, R.S. / Itzen, A.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2013
タイトル: Mechanism of Rab1b deactivation by the Legionella pneumophila GAP LepB.
著者: Mihai Gazdag, E. / Streller, A. / Haneburger, I. / Hilbi, H. / Vetter, I.R. / Goody, R.S. / Itzen, A.

履歴

登録	2012年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_diffrn_reflns_shell / Item: _pdbx_diffrn_reflns_shell.percent_possible_obs
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i1m.cif.gz	337.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i1m.ent.gz	277.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i1oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dtm-2 4py4-d 1r17-2 2ral-1 1r19-1 4f27-d 4mbr-d 5wtb-4 1n67-d 6te6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LepB

B: LepB

C: LepB

ヘテロ分子

103 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LepB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LepB

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: LepB

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.700, 152.700, 129.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-801- HOH

#1: タンパク質	LepB 分子量: 34131.914 Da / 分子数: 3 / 断片: GAP domain (UNP residues 317-618) / 変異: K457A, E458A, K460A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lepB, lpg2490 / プラスミド: pOPINM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZSM7
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X10SA	1	1
シンクロトロン	SLS	X10SA	2	0.9793

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2011年7月11日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2011年8月11日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	double crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9793	1

Reflection

数: 543871 / R_merge(I) obs: 0.166 / D res high: 3.4 Å / Num. obs: 40231 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
15.21	49.83	440	97.3	1	0.039
10.75	15.21	823	100	1	0.037
8.78	10.75	1074	100	1	0.04
7.6	8.78	1259	100	1	0.051
6.8	7.6	1433	100	1	0.076
6.21	6.8	1587	100	1	0.101
5.75	6.21	1720	100	1	0.129
5.38	5.75	1850	100	1	0.171
5.07	5.38	1977	100	1	0.173
4.81	5.07	2057	100	1	0.173
4.58	4.81	2203	100	1	0.197
4.39	4.58	2294	100	1	0.224
4.22	4.39	2388	100	1	0.271
4.06	4.22	2452	100	1	0.332
3.93	4.06	2556	100	1	0.417
3.8	3.93	2686	100	1	0.529
3.69	3.8	2761	100	1	0.651
3.58	3.69	2801	100	1	0.868
3.49	3.58	2919	100	1	1.096
3.4	3.49	2951	100	1	1.401

反射

解像度: 2.8→49.831 Å / Num. all: 38042 / Num. obs: 38042 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.29 % / B_iso Wilson estimate: 66.273 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 24.36

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.8-2.87		0.737	3.51	36391	2773	100
2.87-2.95		0.615	4.27	35639	2700	100
2.95-3.04		0.479	5.56	36785	2624	100
3.04-3.13		0.364	7.3	35256	2539	100
3.13-3.23		0.305	8.58	34082	2482	100
3.23-3.35		0.218	11.79	32394	2394	100
3.35-3.47		0.167	15.17	29783	2318	100
3.47-3.61		0.128	19.31	29464	2241	100
3.61-3.78		0.102	24.42	29177	2136	100
3.78-3.96		0.081	29.96	28239	2061	100
3.96-4.17		0.068	34.99	26582	1970	100
4.17-4.43		0.06	39.42	24496	1862	100
4.43-4.73		0.054	43.06	22481	1761	100
4.73-5.11		0.052	44.73	21821	1644	100
5.11-5.6		0.054	42.63	20518	1512	99.9
5.6-6.26		0.05	43.89	18117	1386	100
6.26-7.23		0.044	48.29	14963	1237	100
7.23-8.85		0.036	60.53	13674	1054	100
8.85-12.52		0.031	66.42	10045	849	100
	12.52	0.031	66.89	5601	499	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 4.42 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.34 / 反射: 10061

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.215	0.133	0.247	1.496
2	Se	60	0.445	0.262	0.252	1.36
3	Se	60	0.447	0.252	0.044	1.834
4	Se	60	0.623	0.362	0.124	1.536
5	Se	60	0.694	0.263	0.125	1.228
6	Se	60	0.751	0.117	0.194	1.158
7	Se	60	0.117	0.175	0.19	0.857
8	Se	60	0.412	0.024	0.009	1.052
9	Se	60	0.236	0.356	0.174	0.733

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
15.61-50	0.38	546
9.95-15.61	0.41	855
7.81-9.95	0.42	1071
6.64-7.81	0.38	1259
5.87-6.64	0.35	1390
5.32-5.87	0.33	1522
4.9-5.32	0.31	1668
4.56-4.9	0.28	1750

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.804→49.831 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8245 / SU ML: 0.33 / σ(F): 2.02 / σ(I): -3 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1902	5 %	RANDOM
R_work	0.1995	-	-	-
obs	0.2015	38034	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.01 Å² / B_iso mean: 76.5663 Å² / B_iso min: 23.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.804→49.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6483	0	7	28	6518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6642
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.676	9039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.172	2304

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.804-2.8746	0.3009	130	0.2414	2500	2630	98
2.8746-2.9523	0.2673	133	0.2397	2529	2662	100
2.9523-3.0392	0.2832	136	0.2391	2550	2686	100
3.0392-3.1373	0.2886	134	0.2311	2540	2674	100
3.1373-3.2494	0.2782	135	0.2442	2553	2688	100
3.2494-3.3794	0.2839	133	0.2249	2545	2678	100
3.3794-3.5332	0.2292	134	0.2113	2551	2685	100
3.5332-3.7194	0.257	135	0.2063	2577	2712	100
3.7194-3.9524	0.2243	135	0.1903	2563	2698	100
3.9524-4.2574	0.237	136	0.182	2577	2713	100
4.2574-4.6855	0.2151	136	0.1743	2598	2734	100
4.6855-5.3629	0.2305	139	0.185	2613	2752	100
5.3629-6.754	0.2516	138	0.2211	2648	2786	100
6.754-49.8386	0.205	148	0.1794	2788	2936	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0548	-1.2001	0.4269	4.3217	-1.3058	2.6021	-0.0125	-0.0102	0.0829	-0.163	0.0051	-0.132	0.162	-0.0855	0.0169	0.2612	-0.0923	0.0304	0.2511	-0.0213	0.4002	30.4142	17.6908	55.907
2	4.1829	2.0202	-1.4431	3.2809	-0.8462	2.8267	-0.0085	-0.0171	-0.0933	-0.1478	-0.0785	-0.4372	-0.0991	0.1548	0.0237	0.3597	0.0541	-0.0264	0.2557	0.0287	0.3297	29.119	-10.8052	67.6
3	6.4129	-0.1799	-1.7154	2.5992	0.751	3.4106	-0.1057	0.4225	-1.1704	-0.3967	-0.066	0.1728	0.599	-0.452	0.1581	0.6425	-0.1192	0.0273	0.3289	0.045	0.4041	34.4046	22.6825	26.6536
4	2.3273	-0.0356	-0.9957	1.2502	-0.4599	3.4342	0.0253	-0.126	0.1776	-0.0008	0.0037	-0.1919	-0.1315	0.8127	-0.0067	0.4315	-0.0291	0.0625	0.4208	0.027	0.3594	53.345	35.2428	32.9541
5	0.388	0.5421	0.8937	3.4699	-1.8572	3.5021	-0.3438	-0.034	0.037	0.2579	0.0941	-0.0291	-1.6719	0.5454	0.2423	1.6767	-0.1678	-0.0971	0.6241	-0.1934	0.8213	48.9892	-12.4458	26.2757
6	0.0503	-0.309	0.0624	1.429	1.5723	0.6101	0.1822	0.0241	0.0631	0.0077	0.1179	-0.2173	-1.3173	0.9005	-0.3308	1.6574	-0.4049	-0.0458	1.0475	-0.1235	0.863	55.4537	-1.0864	-1.7821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 322:518)	A	322 - 518
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 519:618)	A	519 - 618
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 327:393)	B	327 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 399:617)	B	399 - 617
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 317:516)	C	317 - 516
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 517:617)	C	517 - 617

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