PDB-4hx4: Structure of MNTR mutant E11K complexed with Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hx4

タイトル

Structure of MNTR mutant E11K complexed with Mn2+

要素

TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MNTR

キーワード

TRANSCRIPTION / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Glasfeld, A. / McGuire, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Roles of the A and C Sites in the Manganese-Specific Activation of MntR.
著者: McGuire, A.M. / Cuthbert, B.J. / Ma, Z. / Grauer-Gray, K.D. / Brunjes Brophy, M. / Spear, K.A. / Soonsanga, S. / Kliegman, J.I. / Griner, S.L. / Helmann, J.D. / Glasfeld, A.

履歴

登録	2012年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hx4.cif.gz	121.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hx4.ent.gz	96.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hx4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hx4_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hx4_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	4hx4_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4hx4_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r60C 3r61C 4hv5C 4hv6C 4hx7C 4hx8C 2f5dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1on1-d 3r61-d 2f5d-d 4hx7-d 2f5e-d 2ev0-d 2ev5-d 4hv5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MNTR

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MNTR

ヘテロ分子

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.427, 46.081, 74.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MNTR / MANGANESE TRANSPORT REGULATOR 分子量: 16656.000 Da / 分子数: 2 / 変異: E11K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BACILLUS SUBTILIS, BSU24520, MNTR, YQHN / プラスミド: PHB7506 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)AI / 参照: UniProt: P54512
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% ETHYLENE GLYCOL, 55 MM LITHIUM SULFATE, 2 MM MANGANESE CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月14日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→74.79 Å / Num. obs: 40214 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F5D

2f5d

解像度: 1.65→30.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 7.109 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26444	2021	5 %	RANDOM
R_work	0.23377	-	-	-
obs	0.23534	38181	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.787 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.38 Å²	0 Å²	-2.67 Å²
2-	-	-3.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2098	0	2	112	2212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.12	1.981	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.72	3	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.72	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.776	24.679	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.59	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.786	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.733	1.5	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.044	2	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.924	3	963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.956	4.5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	145	-
R_work	0.385	2641	-
obs	-	-	94.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4071	0.3138	-0.4445	2.6281	0.8925	9.0222	0.075	-0.3796	0.1958	0.5997	-0.0535	0.2828	0.0198	-0.3034	-0.0215	0.147	-0.0371	0.0753	0.219	-0.0196	0.1622	18.0636	25.0808	2.5288
2	9.5427	3.9304	-0.9151	6.642	1.6556	7.3737	-0.1228	0.0062	-0.2489	-0.1055	0.0276	0.0781	0.5037	-0.0843	0.0952	0.0826	-0.0006	0.0563	0.2019	-0.0218	0.1709	16.2533	18.0322	-6.1036
3	3.3874	0.7773	0.8443	6.3393	-2.3013	4.07	0.1183	-0.1639	0.0375	0.3645	-0.0366	0.7047	-0.0832	-0.5491	-0.0818	0.1648	-0.0092	0.1276	0.4092	-0.0217	0.2831	8.7605	25.8654	1.2337
4	6.8949	-3.2938	5.3175	4.3684	-2.9534	8.3935	-0.0345	0.1421	0.2752	-0.1049	-0.024	0.0958	-0.0876	-0.1	0.0585	0.0511	-0.0081	0.0556	0.1633	-0.0004	0.1273	21.7886	30.7698	-1.8354
5	2.6314	0.4789	0.645	2.9084	0.617	2.5089	0.0911	0.1446	-0.1155	-0.0867	-0.0247	0.007	0.1621	0.0277	-0.0664	0.0304	0.0079	0.0179	0.1476	-0.01	0.0605	31.8647	23.7944	13.4849
6	8.5322	-2.4081	1.5688	2.1406	-5.3045	16.4683	0.1758	0.4256	-0.3047	-0.3071	-0.2384	0.0454	0.8783	0.4889	0.0626	0.2015	0.0135	0.2231	0.2775	-0.0478	0.3364	48.2217	21.5033	15.6695
7	14.2096	-3.8032	-6.066	14.2286	-3.9043	17.8963	-0.0602	-0.4087	-0.9017	0.6344	0.1415	0.4381	0.5894	-0.4288	-0.0812	0.191	0.0753	0.0567	0.3513	0.0382	0.3229	44.8591	14.4705	24.7366
8	4.6618	-0.4692	0.7524	2.1654	1.0083	7.8376	0.1388	0.2167	-0.2021	-0.5323	0.0591	0.1949	0.3151	-0.0482	-0.1978	0.1891	-0.0099	-0.0269	0.1406	0.0205	0.1534	16.5745	25.6953	34.1261
9	6.5436	-0.6865	5.6167	0.9945	-0.3222	8.9166	0.0956	-0.2675	0.0602	-0.208	0.0463	0.1159	-0.1003	-0.4119	-0.1419	0.0637	0.0094	0.0312	0.2239	0.0077	0.1907	10.2993	32.2593	37.7667
10	7.6759	0.3447	1.018	3.9495	-0.2257	7.608	-0.0949	0.1878	-0.022	-0.5759	0.1107	0.6505	0.1314	-0.4235	-0.0158	0.1626	-0.0505	-0.0252	0.2355	0.063	0.256	8.6354	18.8066	37.9196
11	7.405	4.5424	-6.0691	3.9378	-4.207	5.483	-0.189	-0.1748	-0.2766	-0.215	0.0359	-0.0977	0.2521	0.1576	0.1531	0.0466	0.0239	0.0349	0.1691	-0.003	0.1108	21.6967	19.4259	38.345
12	2.9889	-0.3312	-0.1313	3.3214	0.224	2.4038	0.0385	-0.0979	0.0048	0.2074	-0.0439	0.0623	0.0101	-0.0801	0.0054	0.0232	-0.0068	0.0235	0.1251	-0.0103	0.0426	29.8924	27.4072	25.2246
13	7.7652	1.6995	0.2479	2.4819	-0.0515	1.2345	0.2708	-0.4062	-0.2188	0.667	-0.2434	-0.5404	-0.0137	0.2836	-0.0274	0.2257	-0.0427	-0.0929	0.2403	0.0445	0.2023	45.8451	28.2534	25.3102
14	20.3726	-7.0868	-4.9812	17.2939	-3.2098	13.9209	-0.3784	0.5978	0.5449	-0.2691	0.1822	-0.0035	-0.5221	0.1154	0.1962	0.2554	-0.0815	-0.0148	0.35	0.0407	0.2883	45.78	36.8881	15.1655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	52 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	77 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	120 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	131 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	3 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	18 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	42 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	61 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	76 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	116 - 130
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	131 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)