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- PDB-4hx1: Structure of HLA-A68 complexed with a tumor antigen derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hx1
タイトルStructure of HLA-A68 complexed with a tumor antigen derived peptide
要素
  • 9-mer peptide from Tyrosinase-related protein-2
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA molecules / peptide presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


melanin biosynthetic process from tyrosine / Melanin biosynthesis / cell development / developmental pigmentation / ventricular zone neuroblast division / dopachrome isomerase activity / L-dopachrome isomerase / response to blue light / melanosome membrane / positive regulation of memory T cell activation ...melanin biosynthetic process from tyrosine / Melanin biosynthesis / cell development / developmental pigmentation / ventricular zone neuroblast division / dopachrome isomerase activity / L-dopachrome isomerase / response to blue light / melanosome membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of neuroblast proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / epidermis development / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / melanosome / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / oxidoreductase activity / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosinase-related protein-2 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / L-dopachrome tautomerase / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Niu, L. / Cheng, H. / Zhang, S. / Tan, S. / Zhang, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the differential classification of HLA-A*6802 and HLA-A*6801 into the A2 and A3 supertypes
著者: Niu, L. / Cheng, H. / Zhang, S. / Tan, S. / Zhang, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-mer peptide from Tyrosinase-related protein-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7944
ポリマ－44,7023
非ポリマー921
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.237, 37.857, 108.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31778.119 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1ELT0, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide from Tyrosinase-related protein-2 / tumor antigen derived peptide


分子量: 1175.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide dirived from tumor antigen / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75767, UniProt: P40126*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, 8% PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41016 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 4.906 / Num. unique all: 155862 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.802→31.461 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8397 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 2053 5.07 %
Rwork0.19 --
all0.2261 --
obs0.1918 40466 95.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.832 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.55 Å2 / Biso mean: 29.0756 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0051 Å20 Å2-9.4175 Å2
2--0.3305 Å20 Å2
3----2.3355 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→31.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3154 0 6 380 3540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9584423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4071191
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8019-1.84380.28821550.24612546270197
1.8438-1.890.29411220.235326852807100
1.89-1.9410.36471170.25952623274098
1.941-1.99820.22641270.205327062833100
1.9982-2.06260.23021500.18826122762100
2.0626-2.13630.20291520.186126652817100
2.1363-2.22190.22161480.19242626277498
2.2219-2.32290.26311040.20981823192768
2.3229-2.44540.24331540.198926732827100
2.4454-2.59850.24291310.193226862817100
2.5985-2.7990.21341130.196127322845100
2.799-3.08050.23461610.18926772838100
3.0805-3.52570.19091450.1852652279798
3.5257-4.44010.19781340.15941957209173
4.4401-31.46620.23251400.17752750289097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.597-0.13960.41190.80390.19660.30540.0372-0.0111-0.0538-0.0182-0.03040.12360.1554-0.0542-00.1709-0.0210.00960.12830.00320.1618.6511-21.6052-15.4246
20.1285-0.19070.06090.2607-0.12070.1788-0.0169-0.0377-0.02470.03170.04360.05130.10510.024700.1788-0.0047-0.00910.15290.00830.190926.5906-20.6964-7.0671
30.5390.11360.26920.71140.43990.3695-0.01410.08160.067-0.03860.0070.0077-0.0915-0.0355-00.1381-0.00170.01240.13650.01480.136827.2962-6.8705-14.1552
40.2834-0.06930.19250.02920.0180.1318-0.08040.04390.09420.07060.0569-0.1913-0.07180.177-00.1719-0.00370.00710.17810.00030.212637.1659-7.6187-11.4719
50.1981-0.196-0.19190.1710.06350.22040.17670.1211-0.0602-0.1617-0.10250.02750.18540.00880.00010.22030.03750.01310.175-0.00180.183224.1362-22.6375-32.4106
60.5823-0.10040.17540.1898-0.37020.6813-0.03260.10530.02690.0189-0.0387-0.0584-0.1095-0.067-00.20810.011-0.03120.1929-0.00110.1709-1.308-3.768-37.5443
70.08890.0482-0.05570.15690.16760.19340.03070.06360.1609-0.1184-0.0332-0.02480.08870.0971-00.21790.0012-0.04760.22820.02290.19995.4291-8.8086-45.5639
80.16240.0551-0.18530.1326-0.11160.1819-0.0994-0.03990.03370.03070.1112-0.0996-0.1870.000700.1872-0.0166-0.00370.238-0.0210.23253.567-6.7304-17.081
90.02880.0275-0.0690.0415-0.0860.1799-0.09960.2425-0.1327-0.58050.24730.11310.21570.0305-0.00010.3385-0.25460.02440.4793-0.36740.612-7.2417-22.0132-31.7668
100.178-0.1121-0.05610.087-0.0620.1515-0.0125-0.054-0.29460.04920.0864-0.06270.1278-0.07990.00010.179-0.05020.00280.2233-0.00360.24351.141-15.6541-21.1034
110.4710.18460.08160.40160.10870.01960.2385-0.47120.04710.3744-0.21060.16730.2403-0.2950.06420.2045-0.07470.04240.40730.04270.25330.8948-13.7102-10.6264
120.01470.0083-0.02220.0241-0.0050.0203-0.2073-0.084-0.02750.561-0.0670.10070.1877-0.3099-0.00020.2711-0.01130.03820.45620.00910.3867-11.2282-20.2295-12.2967
130.32270.1293-0.03530.0513-0.01880.0862-0.22230.0375-0.3662-0.0284-0.1262-0.0620.35120.1547-0.02170.2867-0.00660.12170.27840.12340.525-0.0482-24.6909-14.0899
140.00960.01190.00730.01010.0065-0.0003-0.1751-0.0682-0.12290.31270.2140.0333-0.25760.0935-00.20070.00360.03210.19050.03440.213713.2775-15.7607-15.967
150.2471-0.2852-0.04810.26810.05280.0368-0.0169-0.1085-0.16470.0673-0.0113-0.00410.1279-0.0015-00.1725-0.01940.01350.1920.02720.21966.612-14.7334-18.5568
160.12280.0601-0.08070.0439-0.04040.0545-0.11720.01880.158-0.3270.00630.3568-0.0039-0.186-0.00960.2961-0.14640.02390.62540.030.4173-16.977-19.3102-24.7046
170.5328-0.13120.27790.0207-0.0190.1402-0.1101-0.54530.09490.03890.09290.2164-0.0398-0.6370.02370.1793-0.04440.0250.4613-0.01370.2385-3.3029-8.6724-10.2695
180.11270.0024-0.04390.03170.00580.01120.103-0.02670.2144-0.2150.09140.0298-0.2612-0.3618-00.2216-0.0364-0.01310.35710.00650.2451-8.6509-10.3688-23.5258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:56)A1 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 57:84)A57 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 85:137)A85 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 138:162)A138 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 163:185)A163 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 186:262)A186 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 263:274)A263 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 2:12)B2 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 13:20)B13 - 20
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 21:31)B21 - 31
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 32:42)B32 - 42
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 43:47)B43 - 47
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 48:52)B48 - 52
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 53:57)B53 - 57
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 58:72)B58 - 72
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESSEQ 73:78)B73 - 78
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESSEQ 79:91)B79 - 91
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESSEQ 92:100)B92 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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