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- PDB-4hwf: Crystal structure of ATBAG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwf
タイトルCrystal structure of ATBAG3
要素BAG family molecular chaperone regulator 3
キーワードAPOPTOSIS / three helix bundle / co-chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-folding chaperone binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shen, Y. / Fang, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insight into plant programmed cell death mediated by BAG proteins in Arabidopsis thaliana.
著者: Fang, S. / Li, L. / Cui, B. / Men, S. / Shen, Y. / Yang, X.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAG family molecular chaperone regulator 3
B: BAG family molecular chaperone regulator 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7494
ポリマ－19,5572
非ポリマー1922
水2,540141
1
A: BAG family molecular chaperone regulator 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8742
ポリマ－9,7781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BAG family molecular chaperone regulator 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8742
ポリマ－9,7781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.807, 55.807, 173.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 BAG family molecular chaperone regulator 3 / Bcl-2-associated athanogene 3


分子量: 9778.419 Da / 分子数: 2 / 断片: BAG domain (UNP residues 135-220) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g07220, BAG3, T28J14_160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LYP4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium, 1.7 M lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97941
反射解像度: 2→32.283 Å / Num. all: 21456 / Num. obs: 21455 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→32.283 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 1996 9.3 %
Rwork0.2178 --
obs0.2203 21455 97.45 %
all-21456 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.457 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7828 Å20 Å20 Å2
2---1.7828 Å2-0 Å2
3---1.7249 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1258 0 10 141 1409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8411701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.917493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05020.30141260.28111246X-RAY DIFFRACTION89
2.0502-2.10570.25521380.24191330X-RAY DIFFRACTION95
2.1057-2.16760.23871360.22341325X-RAY DIFFRACTION95
2.1676-2.23760.25311410.20941365X-RAY DIFFRACTION96
2.2376-2.31750.25121390.20491359X-RAY DIFFRACTION97
2.3175-2.41030.24211410.20131356X-RAY DIFFRACTION98
2.4103-2.51990.2391290.2171392X-RAY DIFFRACTION98
2.5199-2.65270.23251460.21771404X-RAY DIFFRACTION98
2.6527-2.81880.25811380.2271379X-RAY DIFFRACTION99
2.8188-3.03630.25411470.23011410X-RAY DIFFRACTION99
3.0363-3.34160.24031490.21231418X-RAY DIFFRACTION99
3.3416-3.82450.22311510.20541444X-RAY DIFFRACTION100
3.8245-4.81590.21151540.20191473X-RAY DIFFRACTION100
4.8159-32.28680.28011610.23191559X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.4859 Å / Origin y: 17.9531 Å / Origin z: 67.2494 Å
111213212223313233
T0.0131 Å2-0.0647 Å2-0.0182 Å2-0.1368 Å2-0.0569 Å2--0.0259 Å2
L0.0655 °20.0544 °20.1059 °2-0.0542 °20.0805 °2--0.3062 °2
S0.016 Å °0.0193 Å °-0.0316 Å °0.0162 Å °0.0335 Å °-0.0268 Å °-0.0278 Å °0.2091 Å °-0.07 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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