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- PDB-4hwh: Crystal structure of ATBAG4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwh
タイトルCrystal structure of ATBAG4
要素BAG family molecular chaperone regulator 4
キーワードAPOPTOSIS / three helix bundle / co-chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


vegetative to reproductive phase transition of meristem / regulation of stomatal movement / positive regulation of potassium ion transport / protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum exit site / response to salt stress / response to cold / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能
BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. ...BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MALONIC ACID / BAG family molecular chaperone regulator 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Shen, Y. / Fang, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insight into plant programmed cell death mediated by BAG proteins in Arabidopsis thaliana.
著者: Fang, S. / Li, L. / Cui, B. / Men, S. / Shen, Y. / Yang, X.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAG family molecular chaperone regulator 4
B: BAG family molecular chaperone regulator 4
C: BAG family molecular chaperone regulator 4
D: BAG family molecular chaperone regulator 4
E: BAG family molecular chaperone regulator 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,04112
ポリマ－47,5055
非ポリマー5367
水4,702261
1
A: BAG family molecular chaperone regulator 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6643
ポリマ－9,5011
非ポリマー1632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BAG family molecular chaperone regulator 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5932
ポリマ－9,5011
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BAG family molecular chaperone regulator 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6643
ポリマ－9,5011
非ポリマー1632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BAG family molecular chaperone regulator 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5602
ポリマ－9,5011
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: BAG family molecular chaperone regulator 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5602
ポリマ－9,5011
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.663, 73.328, 111.634
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
BAG family molecular chaperone regulator 4 / Bcl-2-associated athanogene 4


分子量: 9500.955 Da / 分子数: 5 / 断片: BAG domain (UNP residues 138-223) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g51780, atbag4, ATEM1.3, BAG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RX71
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% tascimate, 20% PEG3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→24.189 Å / Num. all: 42458 / Num. obs: 40074 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.895→1.94 Å / % possible all: 72.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.895→24.189 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 1954 5.06 %
Rwork0.2069 --
obs0.2084 38621 91.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.781 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5595 Å20 Å2-0 Å2
2--9.6645 Å20 Å2
3----4.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→24.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 36 261 3551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6094383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3711254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.895-1.94290.265970.24391632X-RAY DIFFRACTION58
1.9429-1.99540.3119980.23782046X-RAY DIFFRACTION72
1.9954-2.0540.28011510.23892313X-RAY DIFFRACTION83
2.054-2.12030.25431380.2232518X-RAY DIFFRACTION89
2.1203-2.1960.26611270.20862621X-RAY DIFFRACTION92
2.196-2.28390.211480.2052679X-RAY DIFFRACTION95
2.2839-2.38780.25141420.20192764X-RAY DIFFRACTION97
2.3878-2.51350.27971390.21042771X-RAY DIFFRACTION98
2.5135-2.67080.28471390.2162834X-RAY DIFFRACTION98
2.6708-2.87670.27391350.22492821X-RAY DIFFRACTION99
2.8767-3.16570.24881520.21422854X-RAY DIFFRACTION99
3.1657-3.62240.22461590.19922875X-RAY DIFFRACTION100
3.6224-4.55890.19571510.18152929X-RAY DIFFRACTION100
4.5589-24.19080.21211780.20933010X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.0495 Å / Origin y: -15.3168 Å / Origin z: -17.3861 Å
111213212223313233
T0.1452 Å20.0299 Å20.0084 Å2-0.1143 Å20.0151 Å2--0.1338 Å2
L0.9468 °20.4521 °2-0.0013 °2-0.2688 °20.133 °2--0.308 °2
S-0.0719 Å °0.134 Å °0.078 Å °-0.0575 Å °0.0561 Å °0.0319 Å °-0.0277 Å °-0.0303 Å °0.0126 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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