PDB-5dka: A C2HC zinc finger is essential for the activity of the RING ubiq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dka

タイトル

A C2HC zinc finger is essential for the activity of the RING ubiquitin ligase RNF125

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

キーワード

LIGASE / RING ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of RIG-I signaling pathway / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of type I interferon production / cellular response to leukemia inhibitory factor / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / p53 binding / ubiquitin protein ligase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Boer, D.R. / Coll, M. / Bijlmakers, M.J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A C2HC zinc finger is essential for the RING-E2 interaction of the ubiquitin ligase RNF125.
著者: Bijlmakers, M.J. / Teixeira, J.M. / Boer, R. / Mayzel, M. / Puig-Sarries, P. / Karlsson, G. / Coll, M. / Pons, M. / Crosas, B.

履歴

登録	2015年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dka.cif.gz	97.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dka.ent.gz	72.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hcsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5drh-d 2n0r-d 2myv-d 4cqk-5 6se4-d 3hjx-d 5c4p-d 6v1l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.670, 52.320, 73.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RNF125 / RING finger protein 125 / T-cell RING activation protein 1 / TRAC-1 分子量: 26492.350 Da / 分子数: 2 / 変異: 129 stop mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: Q96EQ8, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 10% PEG 8K / PH範囲: 5.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月15日
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 28019 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2.85 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
XSCALE	November 3, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3HCS

3hcs

解像度: 1.55→42.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.435 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2392	1401	5 %	RANDOM
R_work	0.20983	-	-	-
obs	0.2113	26618	94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.216 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1512	0	11	132	1655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.142	1.971	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.057	3.012	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.04	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.767	22.188	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.09	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.357	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.654	1.413	766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.649	1.411	765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.492	2.11	954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.493	2.111	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.939	1.713	802
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.938	1.713	802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.684	2.471	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.786	13.079	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.687	12.713	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	103	-
R_work	0.313	1970	-
obs	-	-	94.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8628	-2.4748	4.4438	3.8773	-0.8367	3.2453	-0.1605	0.6429	0.3282	-0.1723	0.0242	-0.1364	-0.125	0.2849	0.1362	0.1758	-0.08	0.005	0.3187	0.0798	0.152	13.6077	-7.8678	-15.5248
2	2.6514	1.3177	0.797	2.4821	0.6412	0.3556	-0.0179	0.0054	0.031	0.0238	-0.0112	-0.0735	0.0016	-0.0755	0.0291	0.1233	-0.0215	0.0045	0.0743	-0.0085	0.1298	21.0767	-2.3119	-6.9699
3	6.3972	2.2826	2.021	2.0915	0.0126	1.0316	0.1487	-0.1284	0.3818	0.0345	-0.0887	0.4646	0.0553	-0.0146	-0.0599	0.0298	-0.0296	0.0181	0.0325	-0.0337	0.1146	4.8579	-5.0057	-8.2713
4	1.5408	-0.1429	0.1278	1.2161	0.7711	1.7832	-0.0016	0.1074	0.0794	0.0173	-0.0697	0.0126	0.0358	0.021	0.0713	0.1576	-0.0204	-0.0231	0.1124	-0.0034	0.1866	6.2753	-18.3905	-15.248
5	9.81	1.8431	0.1383	1.7127	-1.8185	2.5506	0.0754	0.3658	-0.2017	0.0089	-0.0737	-0.0008	0.066	0.1798	-0.0017	0.1038	0.0004	0.0191	0.0376	-0.0354	0.0695	14.5652	-24.8662	-19.4141
6	1.9955	-0.6185	0.1413	2.565	-0.7768	2.5863	0.088	-0.1673	-0.023	0.1458	0.0344	0.0443	0.0737	-0.0062	-0.1224	0.1835	-0.0172	0.012	0.1147	-0.0205	0.1711	30.2893	-25.6905	-5.4368
7	1.8087	2.1661	0.1287	3.3261	0.0585	0.0317	0.0503	0.1186	0.0476	0.0236	-0.0049	0.0942	0.0247	0.0337	-0.0454	0.1381	0.006	0.0085	0.0814	-0.0305	0.1574	34.9645	-18.0172	-11.4561
8	2.5495	2.7021	0.31	3.2089	0.0016	1.371	-0.0146	0.0725	0.186	0.1031	0.072	0.0607	-0.053	0.2099	-0.0574	0.0715	0.0098	-0.035	0.0509	-0.0239	0.1401	38.8679	-17.5775	-11.5265
9	2.808	-1.0217	-1.7509	2.5228	0.0336	1.2614	-0.0324	-0.0624	-0.0221	0.0367	0.005	-0.069	0.0142	0.0393	0.0274	0.1902	0.0062	-0.0364	0.1002	-0.0014	0.1955	25.25	-35.3059	-4.8173
10	1.5625	-1.8231	-0.8171	3.1176	0.5365	2.773	-0.2236	0.066	-0.0788	0.2286	0.1092	0.0448	0.1013	0.2483	0.1144	0.1119	-0.0014	-0.0001	0.1029	0.0013	0.1212	14.407	-26.4795	-3.5097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	99 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	120 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 47
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	48 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	68 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	92 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	114 - 128

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関連情報:EMDBヘッダ

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